Rで解析：ネットワーク図や2部グラフをプロット！！「multigraph」パッケージ

ネットワーク図や2部グラフが作成できるパッケージの紹介です。自身の集団と相手の集団との関係性を把握するのにおすすめなパッケージです。

パッケージバージョンは0.97-2。windows 11のR version 4.1.3で動作を確認しています。

パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("multigraph")

実行コマンドの紹介

詳細はコマンド、パッケージのヘルプを確認してください。

#&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#35501;&#36796;&#12415;
library("multigraph")

###&#12487;&#12540;&#12479;&#20363;&#12398;&#20316;&#25104;#####
TestData <- array(data = sample(1:100, 50, replace = TRUE), dim = c(5, 5, 2),
                  dimnames = list(paste0("Data", 1:5), paste0("Group", 1:5)))
#&#12493;&#12483;&#12488;&#12527;&#12540;&#12463;&#29992;&#12487;&#12540;&#12479;&#12434;&#20316;&#25104;
TestZeroOne <- ifelse(TestData > 50, 1, 0)
########

#&#12493;&#12483;&#12488;&#12527;&#12540;&#12463;&#22259;&#12434;&#20316;&#25104;:multigraph&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;
#&#12487;&#12540;&#12479;&#12434;&#25351;&#23450;:net&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
#&#12456;&#12483;&#12472;&#12395;&#25351;&#21521;&#24615;&#12434;&#20184;&#19982;:directed&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;FALSE&#12391;&#12394;&#12375;
#&#12524;&#12452;&#12450;&#12454;&#12488;&#35373;&#23450;:layout&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;circ,force,stress,conc,rand&#12398;&#35373;&#23450;&#12364;&#21487;&#33021;
#&#12479;&#12452;&#12488;&#12523;&#12434;&#35373;&#23450;:main;&#21021;&#26399;&#20516;NULL
#&#12494;&#12540;&#12489;,&#12456;&#12483;&#12472;,&#32972;&#26223;&#33394;&#12398;&#36879;&#26126;&#24230;:alpha&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;bg&#12399;1&#20197;&#22806;&#12358;&#12414;&#12367;&#21205;&#12363;&#12394;&#12356;
#&#12494;&#12540;&#12489;&#33394;&#12434;&#25351;&#23450;:vcol&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
#&#12456;&#12483;&#12472;&#33394;&#12434;&#25351;&#23450;:ecol&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
#&#32972;&#26223;&#33394;&#12434;&#25351;&#23450;:bg&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
#&#12521;&#12505;&#12523;&#12469;&#12452;&#12474;:tcex&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
#&#12521;&#12505;&#12523;&#20301;&#32622;:pos&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
par(mfrow = c(2, 3))
LayoutSet <- c("circ", "force", "stress", "conc", "rand")
for(i in seq(LayoutSet)){
  multigraph(net = TestZeroOne, directed = TRUE,
             layout = LayoutSet[i], main = paste0("Layout::", LayoutSet[i]),
             alpha = c(vertex = .5, edge = 1, bg = 1),
             vcol = "#9e323a", ecol = "black", bg = "white",
             cex = apply(TestData, 1, sum), tcex = .7, pos = 0)}

#2&#37096;&#12464;&#12521;&#12501;&#12434;&#20316;&#25104;:bmgraph&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;
#&#12524;&#12452;&#12450;&#12454;&#12488;&#35373;&#23450;:layout&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;"bip", "bip3", "bip3e",
#"bip3e", "bipc", "force","rand", "circ", "stress",
#"CA", "circ2"&#12398;&#35373;&#23450;&#12364;&#21487;&#33021;
par(mfrow = c(4, 3))
LayoutSet <- c("bip", "bip3", "bip3e", "bipc", "force",
               "rand", "circ", "stress", "CA", "circ2")
for(i in seq(LayoutSet)){
  bmgraph(net = TestZeroOne, directed = TRUE,
          layout = LayoutSet[i], main = paste0("Layout::", LayoutSet[i]),
          pch = c(19, 15), vcol = c("#8ebcf6", "#ddd5fa"), ecol = "black")}