Rで解析：データの関係を表現します！Hive plotsの作成「HiveR」パッケージ

Hive plotsはデータの関係を表現する手法で、遺伝子や代謝産物などの生化学分野だけでなく、TwitterなどのSNSやテキストマイニングにも応用できるかと思います。そこで、有用な表現方法であるHive plotsを作成できる「HiveR」パッケージを紹介します。

また、本パッケージではぐりぐり動かすことができる3DのHive plotsも作成できます。興味のある方は出力例に動画を掲載しましたのでご覧ください。

パッケージのバージョンは0.2.44。R version 3.2.1でコマンドを確認しています。

＜おすすめのRに関する書籍です＞

現場ですぐに使える！ 最新R言語プログラミング逆引き大全323の極意 | 金城俊哉 | 工学 | Kindleストア

Amazonで金城俊哉の現場ですぐに使える！ 最新R言語プログラミング逆引き大全323の極意。一度購入いただいた電子書籍は、KindleおよびFire端末、スマートフォンやタブレットなど、様々な端末でもお楽しみいただけます。

www.amazon.co.jp

パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。Windowsはplot3dHiveコマンドの利用にrglパッケージが必要です。

#パッケージのインストール
install.packages("HiveR")

#windowsではplot3dHiveコマンドの利用に
#rglパッケージが必要です
install.packages("rgl")

実行コマンドの紹介

詳細はコメント、パッケージヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("HiveR")

#ランダムにhive plot用のデータを作成:ranHiveDataコマンド
#nxオプション:軸数の設定,範囲2以上6未満
#typeオプション:2D,3Dの設定が可能
#3Dにするとぐりぐり動きます,動画を確認してください
TestData <- ranHiveData(type = "2D", nx = 5)

#データ構造の確認
str(TestData)

#軸,ノード,エッジ間の関係を確認:sumHPDコマンド
sumHPD(TestData)

#データのプロット
#2Dデータのプロット:plotHiveコマンド
plotHive(TestData)

#3Dデータのプロット:plot3dHiveコマンド
plot3dHive(TestData)

出力例

・2Dデータのプロット:plotHiveコマンド

・3Dデータのプロット:plot3dHiveコマンド 回転だけでなく拡大・縮小が可能です。

少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように！！

＜おすすめのRに関する書籍です＞

生命科学・生物工学のための 間違いから学ぶ実践統計解析: R・Pythonによるデータ処理事始め (New paradigm! On-demand publishing) | 川瀬 雅也, 松田 史生

Amazonで川瀬 雅也, 松田 史生の生命科学・生物工学のための 間違いから学ぶ実践統計解析: R・Pythonによるデータ処理事始め (New paradigm! On-demand publishing)。アマゾンならポイント還元本が多数。

www.amazon.co.jp