Rで解析:文字列データからクラスと構造を整える!「iotools」パッケージ


Rのデータハンドリングは利用パッケージに合わせた「データのクラスや構造」に注意が必要です。パッケージヘルプのデータではうまく動くのに、自身で準備したデータでは期待した結果が出力されない。そんな経験はないでしょうか。

そんな場合は、strコマンドで用意したデータの構造を確認後、as.numericやas.integerなどのコマンドでクラスを変更で解決することが多いです。でも、できればデータの準備時に「データの構造やクラスは整えたい」ものです。

データの構造やクラスを整えるパッケージはいくつかありますが、「文字列データからクラスと構造を整える」ちょっと変わった「iotools」パッケージを紹介します。

パッケージのバージョンは0.1-22。R version 3.2.1でコマンドを確認しています。


パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("iotools")

実行コマンドの紹介

詳細はコメント、パッケージヘルプを確認してください。紹介していませんがread.csv.rawコマンドは使用環境によりRごと落ちるかもしれません。ファイルの読み込みは他パッケージの利用をオススメします。

#パッケージの読み込み
library("iotools")

#文字列から行列を作成:.default.formatterコマンド
#\tで行名とデータを区別,データは|で区切ります
TestData <- c("てすと\tB|3|D", "てすと2\tB|3|B", "てすと\tA|1|E") .default.formatter(TestData)    [,1] [,2] [,3] てすと "B" "3" "D" てすと2 "B" "3" "B" てすと "A" "1" "E" #以下matrixコマンドと同じ matrix(c("B", "B", "A", "3", "3", "1", "D", "B", "E"), nrow = 3, ncol = 3, dimnames = list(c("てすと", "てすと2", "てすと"))) #データのクラスを指定しデータフレームを作成:dstrsplitコマンド #データ例の作成 #\tで行名とデータを区別,データは|で区切ります TestData = c("シャーロット\t5|2.7|友利|0d|1|2015-02-05 20:22:57", "化物語\t7|3e3|神原|e4|1+3i|2015-02-05", "だんまち\te|1.8|ヘスティア|77|4.2i|2001-02-05") #クラスの指定:col_typesオプション #"character", "numeric", "logical", "integer", "complex", "raw", "POSIXct"が指定可能 TDF <- dstrsplit(x = TestData, sep = "|", nsep = "\t", col_types = c("integer", "numeric", "character", "raw", "complex", "POSIXct")) #データ構造の確認 str(TDF) 'data.frame': 3 obs. of 7 variables: $ rowindex: chr "シャーロット" "化物語" "だんまち" $ V1 : int 5 7 NA $ V2 : num 2.7 3000 1.8 $ V3 : chr "友利" "神原" "ヘスティア" $ V4 : raw 0d e4 77 $ V5 : cplx 1+0i 1+3i 0+4.2i $ V6 : POSIXct, format: "2015-02-05 20:22:57" "2015-02-05 00:00:00" "2001-02-05 00:00:00" #tapplyコマンドの高速版:ctapplyコマンド #並び替えを実行するのがポイントです #データ例の作成 i = rnorm(4e6) names(i) = as.integer(rnorm(1e6)) #並び替え i = i[order(names(i))] #tapplyコマンド処理速度 system.time(tapply(i, names(i), sum)) ユーザ システム 経過 0.383 0.039 0.422 #ctapplyコマンド処理速度 system.time(ctapply(i, names(i), sum)) ユーザ システム 経過 0.027 0.003 0.031 [/code]


少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように!!

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