Rで解析:痒いところに手が届く「broman」パッケージの紹介


投稿日: Rの解析に役に立つ記事

本パッケージに収録されている多くのコマンドは「基本的なコマンドを組み合わせる」ことで再現が可能です。でも、再現しようとすると手がかかります。なお、「broman」パッケージ名の由来は作者が「Broman」氏だからです。

抄録されているコマンドから目に付いたものを紹介します。他のコマンドはパッケージヘルプを参照ください。

パッケージのバージョンは0.59-5。R version 3.2.1でコマンドを確認しています。


パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("kinship2")

実行コマンドの紹介

詳細はコメント、パッケージヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("broman")

#数字にカンマを加える:add_commasコマンド
#注意出力が文字列になります
add_commas(c(1, 22, 444, 5555, 66666, 666666))
[1] "1" "22" "444" "5,555" "66,666" "666,666"

#マウスで任意の場所に矢印を図に加える:arrowlocatorコマンド
#1回目のクリックで始点、2回目のクリックで終点を指定します
plot(0, 0, type = "n", xlab = "", ylab = "", xlim = c(0, 1), ylim = c(0, 1))
arrowlocator(col = "blue", lwd = 2)

#一致を調査:cfコマンド
#matrix, data.frame, list, vectorの調査が可能です
x <- c(5, 8, 9, NA, 3, NA) y <- c(5, 2, 9, 4, NA, NA) cf(x,y) [1] TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE #指定した色,alpha値のカラーコードを取得:colwalphaコマンド colwalpha(c("blue", "red"), alpha = 0.5) [1] "#0000FF7F" "#FF00007F" #行列の行方向配列の一致を調査:compare_rowsコマンド #methodオプション:prop_mismatches;一致は1,不一致0, # rms_difference;比較対象との差分 y <- matrix(sample(1:4, 5, replace=TRUE), ncol = 1) [,1] [1,] 3 [2,] 1 [3,] 4 [4,] 2 [5,] 3 compare_rows(y, method = "rms_difference") [,1] [1,] 3 [2,] 1 [3,] 4 [4,] 2 [5,] 3 #数値を16進数に変換:convert2 convert2hex(333) [1] "14d" #データフレームの内容をエクセル風にプロット:excel_fig df <- data.frame(id = c(101, 102, 103, 104, 105), "性別" = c("男", "男", "女", "女", "女"), weight = c(22.3, 15.8, 19.7, 50, 60), stringsAsFactors = FALSE) #Macで文字化け防止 par(family = "HiraKakuProN-W3") #プロット excel_fig(df, col_names = TRUE) #Rの終了:exitコマンド #注意:RStudioで使用すると強制終了します exit() #plotコマンドでggplot2風の図をプロット:grayplotコマンド x <- rnorm(100) y <- x + rnorm(100, 0, 0.7) grayplot(x, y, col = "blue", pch = 16) #histグラムを描写:histlinesコマンド x <- rnorm(1000, mean = 20, sd = 5) plot(histlines(x, breaks = 60, use = "density"), type = "l", lwd = 2, xlab = "x", ylab = "Density", las = 1) #今日の日付けを取得:kbdateコマンド #formatオプション:dateonly;年月日,standard;曜日月時間年 kbdate("standard") #windowsでの出力 [1] "木 8 06 22:51:39 2015" #macでの出力 [1] "木 8 06 22時51分53秒 2015" #重複するデータの数を表示:lenuniqコマンド x <- c(1, 2, 1, 3, 1, 1, 2, 2, 3, NA, NA, 1) lenuniq(x, na.rm = FALSE) [1] 4 #小数点以下の桁数を指定:myroundコマンド myround(51.01, digits = 10) [1] "51.0100000000" #変数を.で結合:paste.コマンド x <- 3 y <- 4 paste.(x, y) [1] "3.4" #下記と同じ paste(x, y, sep = ".") [1] "3.4" #赤から青のカラーパレットを作成:revrainbowコマンド x <- matrix(1:100, ncol = 10) image(x, col = revrainbow()) [/code]


出力例

・excel_figコマンド
excelplot

・grayplotコマンド
grayplot

・histlinesコマンド
histlines

・revrainbowコマンド
revrainbow


少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように!!

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