Rで解析:研究分野の論文収集に便利です。「fulltext」パッケージ


Pubmedに代表される、文献データベースにアクセスし情報を収集するのに便利なパッケージの紹介です。PLOS, Crossref, Entrez, arxiv, MMCへのアクセスが可能です。

便利ですが、過度のアクセスは厳禁です。節度を守って利用するのが良いかと思います。例では昨年、アルドノア・ゼロで話題になった「chlorella」をキーワードにしています。

パッケージバージョンは0.1.4。実行コマンドはR version 3.2.2で確認しています。


パッケージのインストール

下記、コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("fulltext")

実行コマンド

詳細はコメント、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("fulltext")

#キーワードで検索:ft_searchコマンド
#データベースの選択:fromオプション
#plos, crossref, entrez, arxiv, bmcの設定が可能
ft_search(query = "chlorella", from = "plos")
Query:
  [chlorella]
Found:
  [PLoS: 360; BMC: 0; Crossref: 0; Entrez: 0; arxiv: 0; biorxiv: 0]
Returned:
  [PLoS: 10; BMC: 0; Crossref: 0; Entrez: 0; arxiv: 0; biorxiv: 0]

#結果からLinkを取得:ft_linksコマンド
Result <- ft_search("chlorella", from = "plos", limit = 5)
ft_links(Result)

#結果Linkからデータを取得:ft_getコマンド
ResultData <- ft_get(Result$plos$data$id[1], from = "plos", cache = TRUE)
#データの確認
ResultData$plos
$found
[1] 1
$dois
[1] "10.1371/journal.pone.0093290"
$data
$data$backend
NULL
$data$path
[1] "session"
$data$data
1 full-text articles retrieved
Min. Length: 117458 - Max. Length: 117458
DOIs: 10.1371/journal.pone.0093290 ...
NOTE: extract xml strings like output['<doi>']
$opts
$opts$doi
[1] "10.1371/journal.pone.0093290"

#結果をブラウザで閲覧:ft_browseコマンド
ft_browse(ResultData, what = "macrodocs", browse = TRUE)

Macrodocsでの閲覧例

・ft_browseコマンド
fulltext


少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように!!

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