データフレームからis.elementを使用し素早くデータを抽出する方法です。is.elementの簡易型は%in%です。
データの準備
適当な項目が思いつきませんでしたので、政府統計の総合窓口より平成23年社会生活基本調査スポーツの表21「スポーツの種類」を使用しています。
政府統計の総合窓口は多くの統計情報が公開されています。

政府統計の総合窓口
政府統計の総合窓口(e-Stat)は各府省等が公表する統計データを一つにまとめ、統計データを検索したり、地図上に表示できるなど、統計を利用する上で、たくさんの便利な機能を備えた政府統計のポータルサイトです。

「スポーツの種類」から総数に示されている項目名だけを抜き出し、オリジナルのDATA1と抜き出す項目名のDATA2を作成しました。
コマンド
###ライブラリーの読み込み#####
#XLConnectパッケージがなければインストール
if(!require("XLConnect", quietly = TRUE)){
install.packages("XLConnect");require("XLConnect")
}
library("tcltk")
#####
###データの読み込み#####
###DATA1#####
sheetSelect <- 1 #読み込むシート番号を入力
selectABook <- paste(as.character(tkgetOpenFile(title = "DATA1ファイルを選択",filetypes = '{"xlsxファイル" {".xlsx"}}',initialfile = "*.xlsx")), sep = "", collapse =" ")
MasterAnaData <- loadWorkbook(selectABook)
Data1 <- readWorksheet(MasterAnaData, sheet = sheetSelect)
###DATA2#####
sheetSelect <- 1 #読み込むシート番号を入力
selectABook <- paste(as.character(tkgetOpenFile(title = "DATA2ファイルを選択",filetypes = '{"xlsxファイル" {".xlsx"}}',initialfile = "*.xlsx")), sep = "", collapse =" ")
MasterAnaData <- loadWorkbook(selectABook)
Data2 <- readWorksheet(MasterAnaData, sheet = sheetSelect)
###データの抽出#####
NewData <- subset(Data1, Data1[, 1] %in% Data2[, 1]) #抽出
###データの確認#####
NewData
項目 回数
9 ゴルフ(練習場を含む) 9
10 柔道 10
11 剣道 11
16 スキー・スノーボード 16
17 登山・ハイキング 17
18 サイクリング 18
19 ジョギング・マラソン 19
少しでも、ウェブや実験の解析が楽になりますように!!