エクセルファイルを読み込むのにXLConnectライブラリ等を利用していると思います。
そんな時は、エクセルファイルをCSVに変換して読み込んでください。データをRに取り込めると思います。CSVファイルの読み込みコマンドは下記の通りです。
library("tcltk")
#データが大きい場合はcsvで読む。空白はNAとする
#日本語を含む場合はfileEncoding="CP932"を追加
selectACsv <- paste(as.character(tkgetOpenFile(title = "csvファイルを選択",
filetypes = '{"csvファイル" {".csv"}}',
initialfile = "*.csv")), sep = "", collapse =" ")
Data <- read.csv(selectACsv, header = TRUE,
sep = ",", na.strings = "",
stringsAsFactors = FALSE)
########
#データを保存する場合
write.csv(Data, "ファイル名.csv")