Rで解析:手軽にドットプロット(DotPlot)「FlexDotPlot」パッケージ


手軽にドットプロット(DotPlot)を作成できるパッケージの紹介です。ドットプロット(DotPlot)は遺伝子の発現と細胞組織の関係などで利用され、指標間の類似性を表現する図です。パッケージではggplot_objectで情報を保管できるので、何かと利用範囲が広いと思います。

パッケージのバージョンは0.2.1。実行コマンドはwindows 11のR version 4.1.2で確認しています。

パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("FlexDotPlot")

実行コマンド

詳細はコメント、パッケージヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("FlexDotPlot")

###データ例の作成#####
#tidyverseパッケージがなければインストール
if(!require("tidyverse", quietly = TRUE)){
  install.packages("tidyverse");require("tidyverse")
}
set.seed(1234)
TestData <- tibble(Group = factor(rep(paste0("Group", 1:30), time = 10)),
                   Test = factor(rep(paste0("Test", 1:10), each = 30)),
                   Value = sample(c(0:100), 300, replace = TRUE)) %>%
  as.data.frame()
########

#ドットプロットの作成:dot_plotコマンド
#データを指定:data.to.plotコマンド
#クラスター分析の方向:dend_x_var/end_y_varオプション
#グループ間の距離計算:dist_methodオプション
#"euclidean","maximum","manhattan","canberra","binary","minkowski"
#クラスター分析の方法:hclust_methodオプション
#"single","complete","average","mcquitty","ward.D","ward.D2",
#"centroid","median"
#凡例の表示:plot.legendオプション
#サークルスケールの階級数:size.breaks.number/size.breaks.valuesオプション;数値/ベクトル
#カラースケールの階級数:color.breaks.number/color.breaks.valuesオプション;数値/ベクトル
#軸ラベル表示位置の設定:x.lab.pos/y.lab.posオプション;
#x.lab.pos;"bottom","top","both","none"
#y.lab.pos;"left","right”,"both","none"
#軸ラベル表示サイズの設定:x.lab.size.factor/y.lab.size.factorオプション
#x軸ラベルの縦表示:x.lab.rotオプション;TRUE/FALSE
#プロット内行列の塗りつぶし:vertical_coloring/horizontal_coloringオプション
#ggplotオブジェクトとして利用する:do.returnオプション;TRUE/FALSE
dot_plot(data.to.plot = TestData,
         size_var = "Value",
         col_var = "Value",
         text_var = "Value",
         cols.use = c("red", "yellow"),
         shape_use = c("\u25CF","\u2737"),
         text.size = 3,
         #shape_var = "Value",
         #shape_use = c("\u2605","\u2736","\u25CF","\u2737","\u2726"),
         dend_x_var = "Value",
         dend_y_var = "Value",
         dist_method = "euclidean",
         hclust_method = "complete",
         shape.scale = 5,
         plot.legend = TRUE,
         size.breaks.number = 5,
         #size.breaks.values = c(0, 25, 50),
         color.breaks.number = 5,
         #color.breaks.values = c(0, 25, 50),
         x.lab.pos = "bottom",
         y.lab.pos = "left",
         x.lab.size.factor = 0.5,
         y.lab.size.factor = 0.3,
         x.lab.rot = TRUE,
         vertical_coloring = c("gray80", "NA"),
         do.return = TRUE
         ) -> ggplot_object

#確認:ggplot_object
#print(ggplot_object)

出力例


少しでも、あなたの解析が楽になりますように!!

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