定性的データ、定量的データの組合せと散布図などを同時にプロットしデータセットの特徴を探索的に把握するのに便利な「UpSetR」パッケージです。少々、使い方に癖がありますが「使用データ例を最小構成」に出力例を紹介します。
パッケージのバージョンは1.4.0。 windows11のR version 4.1.2で確認しています 。
実行コマンドに必要なパッケージのインストール
下記コマンドを実行してください。
install.packages("UpSetR")
実行コマンドの紹介
詳細はコメント、パッケージヘルプを確認してください。
#パッケージの読み込み
library("UpSetR")
#####準備#####################
#データ例の作成
TestData <- data.frame(Group = paste0("Group", 1:100),
Data1 = sample(0:1, 100, replace = TRUE),
Data2 = sample(0:1, 100, replace = TRUE),
Data3 = sample(0:1, 100, replace = TRUE),
Data4 = sample(0:200, 100, replace = TRUE),
Data5 = sample(100:300, 100, replace = TRUE))
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#そのままプロット:upsetコマンド
upset(TestData)
#グラフ下部にプロットを追加:attribute.plotsオプション
#ggplot2が必要です
#ggplot2を利用するためにtidyverseパッケージを読み込み
#tidyverseパッケージがなければインストール
if(!require("tidyverse", quietly = TRUE)){
install.packages("tidyverse");require("tidyverse")
}
#プロット
upset(TestData,
attribute.plots =
list(gridrows = 60, ncols = 2,
plots = list(list(plot = scatter_plot, x = "Group", y = "Data4"),
list(plot = scatter_plot, x = "Group", y = "Data5"))))
#グラフの色を指定:sets.bar.color, sets, queriesオプション
upset(TestData, sets.bar.color = "#56B4E9",
attribute.plots =
list(gridrows = 60, ncols = 2,
plots = list(list(plot = scatter_plot, x = "Group", y = "Data4"),
list(plot = scatter_plot, x = "Group", y = "Data5"))),
sets = c("Data1", "Data2", "Data3"),
queries = list(list(query = intersects, params = list("Data1"), active = FALSE),
list(query = intersects, params = list("Data2"), active = TRUE)))
出力例
・そのままプロット
・グラフ下部にプロットを追加
・グラフの色を指定
少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように!!