Rで解析：ggplot2で統計情報を一緒にプロット！「ggstatsplot」パッケージ

ggplot2で統計情報を一緒にプロットするのに便利なパッケージの紹介です。パッケージには相関をヒートマップで表現するコマンドもあります。詳しくは下記URLをご確認ください。

ggstatsplot: ggplot2 Based Plots with Statistical Details
https://indrajeetpatil.github.io/ggstatsplot/

パッケージバージョンは0.9.1。実行コマンドはwindows 11のR version 4.1.2で確認しています。

パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("ggstatsplot")

コマンドの紹介

詳細はコマンド、パッケージのヘルプを確認してください。

#&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12398;&#35501;&#36796;&#12415;
library("ggstatsplot")
#&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;&#20363;&#23455;&#34892;&#12395;&#24517;&#35201;&#12394;&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;
#PMCMRplus&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12364;&#12394;&#12369;&#12428;&#12400;&#12452;&#12531;&#12473;&#12488;&#12540;&#12523;
if(!require("PMCMRplus", quietly = TRUE)){
  install.packages("PMCMRplus");require("PMCMRplus")
}
#ggside&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12364;&#12394;&#12369;&#12428;&#12400;&#12452;&#12531;&#12473;&#12488;&#12540;&#12523;
if(!require("ggside", quietly = TRUE)){
  install.packages("ggside");require("ggside")
}

###&#12487;&#12540;&#12479;&#20363;&#12398;&#20316;&#25104;#####
n <- 60
TestData <- data.frame("Group" = rep(paste0("Group", 1:3), each = 20),
                       "Data1" = sample(rnorm(500), n, replace = TRUE),
                       "Data2" = sample(rnorm(500), n, replace = TRUE),
                       "Letter" = sample(LETTERS[1:3], n, replace = TRUE))

TestData[, 2] <- TestData[, 2] + rep(c(0, .8, .3), each = 20)
TestData[, 3] <- TestData[, 3] + rep(c(0, 4, 10), each = 20)

#&#27083;&#36896;&#30906;&#35469;
#str(TestData) 
########

#&#32113;&#35336;&#24773;&#22577;&#12364;&#12354;&#12427;&#31665;&#12402;&#12370;&#22259;,&#12496;&#12452;&#12458;&#12522;&#12531;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;&#12398;&#20316;&#25104;:ggbetweenstats&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;
#&#12464;&#12521;&#12501;&#12398;&#35373;&#23450;:plot.type&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;"box","violin","boxviolin"
#&#20998;&#24067;&#12398;&#20206;&#35500;:type&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;"parametric","nonparametric","robust","bayes"
#p&#20516;&#12398;&#35519;&#25972;&#27861;:"p.adjust.method","holm","hochberg","hommel","bonferroni",
#"BH","BY","fdr","none"
#&#34920;&#31034;&#12377;&#12427;&#23567;&#25968;&#28857;&#12398;&#26689;&#25968;:k&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
ggbetweenstats(data = TestData, x = Group, y = Data1,
               pairwise.comparisons = TRUE,
               pairwise.annotation = "p.value",
               pairwise.display = "all",
               plot.type = "boxviolin", messages = FALSE,
               k = 2, p.adjust.method = "holm")

#&#32113;&#35336;&#24773;&#22577;&#12364;&#25955;&#24067;&#22259;&#12398;&#20316;&#25104;:ggscatterstats&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;
#&#30456;&#38306;&#12398;&#35336;&#31639;&#26041;&#27861;&#12434;&#25351;&#23450;:type;"parametric","pearson","robust","bayes"
ggscatterstats(data = TestData, x = Data1, y = Data2,
               type = "robust", messages = FALSE,
               centrality.para = "median")

#&#12459;&#12486;&#12468;&#12522;&#22793;&#25968;&#12398;&#20870;&#12464;&#12521;&#12501;&#12434;&#20316;&#25104;:grouped_ggpiestats&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;
#&#12459;&#12486;&#12468;&#12522;&#22793;&#25968;&#12434;&#25351;&#23450;:main&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
#&#12464;&#12523;&#12540;&#12503;&#25351;&#27161;&#12434;&#25351;&#23450;:grouping.var&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
#&#12521;&#12505;&#12523;&#20869;&#23481;:slice.label&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;"percentage","counts","both"
grouped_ggpiestats(data = TestData, x = Letter, main = Letter,
                   grouping.var = Group, slice.label = "both")

出力例

・ggbetweenstatsコマンド

・ggscatterstatsコマンド

・grouped_ggpiestatsコマンド

少しでも、あなたの解析が楽になりますように！！