Rで解析：少ないコードでヒートマップ「tidyHeatmap」パッケージ

少ないコードでヒートマップを作成可能なパッケージの紹介です。細かい体裁などが得意で理想のヒートマップが作成できる「ComplexHeatmap」パッケージを利用するパッケージです。ですので、「ComplexHeatmap」パッケージのインストールが必要です。また、「ComplexHeatmap」パッケージと共通のコマンドを使用することができます。

「tidyHeatmap」パッケージを利用するとかなり、コード数を減らすことができるのでお勧めです。特にグループ分けがdplyr::group_byコマンドで可能なので大変便利です。

参考までに「ComplexHeatmap」パッケージの記事を紹介します。

パッケージのバージョンは1.8.1。実行コマンドはR version 4.2.2で確認しています。

パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#ComplexHeatmap&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12364;&#12394;&#12369;&#12428;&#12400;&#12452;&#12531;&#12473;&#12488;&#12540;&#12523;
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)){
  install.packages("BiocManager")
}
BiocManager::install("ComplexHeatmap", force = TRUE)

#&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12398;&#12452;&#12531;&#12473;&#12488;&#12540;&#12523;
install.packages("tidyHeatmap")

実行コマンド

詳細はコメント、パッケージヘルプを確認してください。

#&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12398;&#35501;&#12415;&#36796;&#12415;
library("tidyHeatmap")

###&#12487;&#12540;&#12479;&#20363;&#12398;&#20316;&#25104;#####
#tidyverse&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12364;&#12394;&#12369;&#12428;&#12400;&#12452;&#12531;&#12473;&#12488;&#12540;&#12523;
if(!require("tidyverse", quietly = TRUE)){
  install.packages("tidyverse");require("tidyverse")
}
set.seed(1234)
n <- 300
TestData <- tibble(Group = factor(rep(paste0("Group_", 1:30),
                                      each = 10),
                                  level = paste0("Group_", 1:30)),
                   SubGroup = factor(rep(paste0("SubGroup_", 1:10),
                                         time = 30),
                                     level = paste0("SubGroup_", 1:30)),
                   Value = sample(c(1:100), n, replace = TRUE),
                   SubValue = sample(c(1:100), n, replace = TRUE),
                   Flag_1 = factor(rep(2:3, each = 10, time = 15)),
                   Flag_2 = factor(rep(c("OK", "NG"), each = 1,
                                       time = 150)),
                   FlagValue_1 = rep(1:10, each = 10, time = 3),
                   FlagValue_2 = factor(rep(11:20, time = 30)),
                   FlagValue_3 = rep(1:10, each = 10, time = 3),
                   FlagValue_4 = rep(11:20, time = 30),
                   FlagValue_5 = rep(11:20, time = 30))
########

TestData %>%
  #heatmap&#12434;&#12464;&#12523;&#12540;&#12503;&#12391;&#20998;&#21106;&#12377;&#12427;&#12392;&#12365;&#12399;group_by&#12391;&#35373;&#23450;
  dplyr::group_by(Flag_1, Flag_2) %>%
  #heatmap&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;
  heatmap(.row = Group, .column = SubGroup, .value = Value,
          #&#12487;&#12540;&#12479;&#12398;&#12473;&#12465;&#12540;&#12523;&#21270;;"none","row","column","both)
          scale = "row",
          #&#12463;&#12521;&#12473;&#12479;&#12522;&#12531;&#12464;&#12398;&#36969;&#24540;&#26377;&#28961;
          cluster_rows = FALSE, cluster_columns = TRUE,
          #&#12463;&#12521;&#12473;&#12479;&#12522;&#12531;&#12464;&#25163;&#27861;
          clustering_distance_rows = "pearson",
          #&#12459;&#12521;&#12540;&#12497;&#12524;&#12483;&#12488;&#12434;&#25351;&#23450;
          palette_value = c("#4b61ba", "#A9A9A9", "#a87963"),
          #&#12464;&#12523;&#12540;&#12503;&#20998;&#21106;&#12398;&#33394;&#12434;&#25351;&#23450;
          palette_grouping = list(
            #Flag_1&#12398;&#20998;&#21106;
            c("#66C2A5", "#FC8D62"), 
            #Flag_2&#12398;&#20998;&#21106;
            c("#b58b4c", "#74a6aa")
          ),
          #&#12475;&#12523;&#12398;&#26528;&#32218;:
          #rect_gp = grid::gpar(col = "#161616", lwd = 0.5),
          ) %>%
  #x,y&#26041;&#21521;&#12395;&#12464;&#12521;&#12501;&#12434;&#20184;&#19982;:add_point,add_bar,add_line&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;
  #&#12487;&#12540;&#12479;&#20869;&#23481;&#12363;&#12425;&#20184;&#19982;&#26041;&#21521;&#12399;&#33258;&#21205;&#12391;&#21028;&#26029;
  add_point(FlagValue_3, palette = NULL,
            annotation_name_gp = grid::gpar(fontsize = 8)) %>%
  add_line(FlagValue_4, palette = NULL,
           size = unit(0.4, "cm")) %>%
  add_bar(FlagValue_5, palette = NULL, size = unit(1, "cm"),
          annotation_name_gp = grid::gpar(fontsize = 8)) %>%
  #x,y&#26041;&#21521;&#12395;&#12487;&#12540;&#12479;&#12434;&#20184;&#19982;:add_title&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;
  #&#12487;&#12540;&#12479;&#20869;&#23481;&#12363;&#12425;&#20184;&#19982;&#26041;&#21521;&#12399;&#33258;&#21205;&#12391;&#21028;&#26029;
  add_tile(FlagValue_1, show_legend = TRUE,
           annotation_name_gp = grid::gpar(fontsize = 6)) %>%
  add_tile(FlagValue_2, show_legend = FALSE)

出力例

少しでも、あなたの解析が楽になりますように！！