Rで解析:データを視覚化!新しい発見があるかも?「UpSetR」パッケージの紹介


投稿日: Rの解析に役に立つ記事

定性的データ、定量的データの組合せと散布図などを同時にプロットしデータセットの特徴を探索的に把握するのに便利な「UpSetR」パッケージです。少々、使い方に癖がありますが「使用データ例を最小構成」に出力例を紹介します。

紹介しきれないオプションはヘルプを参照してください。今後のバージョンアップに期待です。

パッケージのバージョンは0.0.4。R version 3.2.0でコマンドを確認しています。


実行コマンドに必要なパッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。
エラーが表示された場合は、表示に従い対応するRtoolsをダウンロードしてインストールしてください。
http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/

#githubからインストール
install.packages(c("devtools", "stringi"))
devtools::install_github("hms-dbmi/UpSetR")

実行コマンドの紹介

詳細はコメント、パッケージヘルプを確認してください。

#ライブラリの読み込み
library("UpSetR")

#####準備#####################
#データ例の作成
TestData <- data.frame(Group = paste0("Group", 1:100),
                       Data1 = sample(0:1, 100, replace = TRUE),
                       Data2 = sample(0:1, 100, replace = TRUE),
                       Data3 = sample(0:1, 100, replace = TRUE),
                       Data4 = sample(0:200, 100, replace = TRUE),
                       Data5 = sample(100:300, 100, replace = TRUE))
##############################

#そのままプロット:upsetコマンド
upset(TestData)

#グラフ下部にプロットを追加:attribute.plotsオプション
#ggplot2が必要です
#install.packages("ggplot2")
library("ggplot2")
upset(TestData, attribute.plots = list(gridrows = 60, ncols = 1,
                                       plots = list(list(plot = scatter_plot, x = "Group", y = "Data4"),
                                                    list(plot = scatter_plot, x = "Group", y = "Data5"))))

#グラフの色を指定:sets.bar.color, sets, queriesオプション
upset(TestData, sets.bar.color = "#56B4E9",
      attribute.plots = list(gridrows = 60, ncols = 1,
                             plots = list(list(plot = histogram, x = "Group", queries = TRUE),
                                          list(plot = scatter_plot, x = "Group", y = "Data5", queries = TRUE))),
      sets = c("Data1", "Data2", "Data3"),
      queries = list(list(query = intersects, params = list("Data1"), active = FALSE),
                     list(query = intersects, params = list("Data2"), active = TRUE)))

出力例

・そのままプロット
fig1

・グラフ下部にプロットを追加
fig2

・グラフの色を指定
fig3


少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように!!

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