Rで解析：データを視覚化！新しい発見があるかも？「UpSetR」パッケージの紹介

公開日 2022-02-01

Rの解析に役に立つ記事

定性的データ、定量的データの組合せと散布図などを同時にプロットしデータセットの特徴を探索的に把握するのに便利な「UpSetR」パッケージです。少々、使い方に癖がありますが「使用データ例を最小構成」に出力例を紹介します。

パッケージのバージョンは1.4.0。 windows11のR version 4.1.2で確認しています。

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実行コマンドに必要なパッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

install.packages("UpSetR")

実行コマンドの紹介

詳細はコメント、パッケージヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("UpSetR")

#####準備#####################	 
#データ例の作成	 
TestData <- data.frame(Group = paste0("Group", 1:100),
                       Data1 = sample(0:1, 100, replace = TRUE),
                       Data2 = sample(0:1, 100, replace = TRUE),
                       Data3 = sample(0:1, 100, replace = TRUE),
                       Data4 = sample(0:200, 100, replace = TRUE),
                       Data5 = sample(100:300, 100, replace = TRUE))	 
##############################

#そのままプロット:upsetコマンド
upset(TestData)

#グラフ下部にプロットを追加:attribute.plotsオプション
#ggplot2が必要です
#ggplot2を利用するためにtidyverseパッケージを読み込み
#tidyverseパッケージがなければインストール
if(!require("tidyverse", quietly = TRUE)){
  install.packages("tidyverse");require("tidyverse")
}
#プロット
upset(TestData,
      attribute.plots =
        list(gridrows = 60, ncols = 2,
             plots = list(list(plot = scatter_plot, x = "Group", y = "Data4"),
                          list(plot = scatter_plot, x = "Group", y = "Data5"))))

#グラフの色を指定:sets.bar.color, sets, queriesオプション
upset(TestData, sets.bar.color = "#56B4E9",
      attribute.plots = 
        list(gridrows = 60, ncols = 2,
             plots = list(list(plot = scatter_plot, x = "Group", y = "Data4"),
                          list(plot = scatter_plot, x = "Group", y = "Data5"))),
      sets = c("Data1", "Data2", "Data3"),
      queries = list(list(query = intersects, params = list("Data1"), active = FALSE),
                     list(query = intersects, params = list("Data2"), active = TRUE)))