Rで解析：データを視覚化！新しい発見があるかも？「UpSetR」パッケージの紹介

定性的データ、定量的データの組合せと散布図などを同時にプロットしデータセットの特徴を探索的に把握するのに便利な「UpSetR」パッケージです。少々、使い方に癖がありますが「使用データ例を最小構成」に出力例を紹介します。

パッケージのバージョンは1.4.0。 windows11のR version 4.1.2で確認しています。

実行コマンドに必要なパッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

install.packages("UpSetR")

実行コマンドの紹介

詳細はコメント、パッケージヘルプを確認してください。

#&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12398;&#35501;&#12415;&#36796;&#12415;
library("UpSetR")

#####&#28310;&#20633;#####################	 
#&#12487;&#12540;&#12479;&#20363;&#12398;&#20316;&#25104;	 
TestData <- data.frame(Group = paste0("Group", 1:100),
                       Data1 = sample(0:1, 100, replace = TRUE),
                       Data2 = sample(0:1, 100, replace = TRUE),
                       Data3 = sample(0:1, 100, replace = TRUE),
                       Data4 = sample(0:200, 100, replace = TRUE),
                       Data5 = sample(100:300, 100, replace = TRUE))	 
##############################

#&#12381;&#12398;&#12414;&#12414;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;:upset&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;
upset(TestData)

#&#12464;&#12521;&#12501;&#19979;&#37096;&#12395;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;&#12434;&#36861;&#21152;:attribute.plots&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
#ggplot2&#12364;&#24517;&#35201;&#12391;&#12377;
#ggplot2&#12434;&#21033;&#29992;&#12377;&#12427;&#12383;&#12417;&#12395;tidyverse&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12434;&#35501;&#12415;&#36796;&#12415;
#tidyverse&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12364;&#12394;&#12369;&#12428;&#12400;&#12452;&#12531;&#12473;&#12488;&#12540;&#12523;
if(!require("tidyverse", quietly = TRUE)){
  install.packages("tidyverse");require("tidyverse")
}
#&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;
upset(TestData,
      attribute.plots =
        list(gridrows = 60, ncols = 2,
             plots = list(list(plot = scatter_plot, x = "Group", y = "Data4"),
                          list(plot = scatter_plot, x = "Group", y = "Data5"))))



#&#12464;&#12521;&#12501;&#12398;&#33394;&#12434;&#25351;&#23450;:sets.bar.color, sets, queries&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
upset(TestData, sets.bar.color = "#56B4E9",
      attribute.plots = 
        list(gridrows = 60, ncols = 2,
             plots = list(list(plot = scatter_plot, x = "Group", y = "Data4"),
                          list(plot = scatter_plot, x = "Group", y = "Data5"))),
      sets = c("Data1", "Data2", "Data3"),
      queries = list(list(query = intersects, params = list("Data1"), active = FALSE),
                     list(query = intersects, params = list("Data2"), active = TRUE)))

出力例

・そのままプロット

・グラフ下部にプロットを追加

・グラフの色を指定

少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように！！