Rで解析:テーブル表示をcsvに出力です。便利!「tableone」パッケージ


投稿日: Rの解析に役に立つ記事

Rで加工したデータの結果をテーブルで表示する「tableone」パッケージの紹介です。結果をRのコンソールへ整形して表示するだけでなく、csvファイルに出力するコマンドも収録されています。

コンソールに表示されるテーブルを「エクセル」で加工したい方にオススメです。

パッケージのバージョンは0.7.0。R version 3.2.1でコマンドを確認しています。


パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("tableone")

実行コマンドの紹介

詳細はコマンドまたはパッケージヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("tableone")

######データ例の作成########
#データ例の作成
a <- sample(1:10, 100, replace = TRUE) TestData <- data.frame(Group = factor(sample(paste0("Group", a), 100, replace = TRUE)), Data1 = a, Data2 = c(-a[1:80], sample(210:230, 20, replace = TRUE))) #データ構造を確認 str(TestData) 'data.frame': 100 obs. of 3 variables: $ Group: Factor w/ 10 levels "Group1","Group10",..: 6 8 2 6 7 1 8 6 2 6 ... $ Data1: int 5 7 4 4 10 4 2 2 2 4 ... $ Data2: int -5 -7 -4 -4 -10 -4 -2 -2 -2 -4 ... ############################ #data.frameをテーブル化:CreateTableOneコマンド TestTable <- CreateTableOne(data = TestData) TestTable Overall n 100 Group (%) Group1 12 (12.0) Group10 13 (13.0) Group2 7 ( 7.0) Group3 10 (10.0) Group4 14 (14.0) Group5 18 (18.0) Group6 8 ( 8.0) Group7 12 (12.0) Group8 1 ( 1.0) Group9 5 ( 5.0) Data1 (mean (sd)) 5.47 (2.93) Data2 (mean (sd)) 39.92 (91.44) #CreateTableOneの出力をsummaryコマンドで出力 summary(TestTable) ### Summary of continuous variables ### strata: Overall n miss p.miss mean sd median p25 p75 min max skew kurt Data1 100 0 0 5 3 5 3 8 1 10 0.1 -1.2 Data2 100 0 0 40 91 -4 -7 -1 -10 230 1.5 0.3 ======================================================================================= ### Summary of categorical variables ### strata: Overall var n miss p.miss level freq percent cum.percent Group 100 0 0.0 Group1 12 12.0 12.0 Group10 13 13.0 25.0 Group2 7 7.0 32.0 Group3 10 10.0 42.0 Group4 14 14.0 56.0 Group5 18 18.0 74.0 Group6 8 8.0 82.0 Group7 12 12.0 94.0 Group8 1 1.0 95.0 Group9 5 5.0 100.0 #数値をカテゴリ変数で処理:factorVarsオプション #列名で指定します TestTable <- CreateTableOne(data = TestData, factorVars = colnames(TestData[2])) TestTable Overall n 100 Group (%) Group1 12 (12.0) Group10 13 (13.0) Group2 7 ( 7.0) Group3 10 (10.0) Group4 14 (14.0) Group5 18 (18.0) Group6 8 ( 8.0) Group7 12 (12.0) Group8 1 ( 1.0) Group9 5 ( 5.0) Data1 (%) 1 11 (11.0) 2 8 ( 8.0) 3 11 (11.0) 4 10 (10.0) 5 13 (13.0) 6 10 (10.0) 7 10 (10.0) 8 4 ( 4.0) 9 10 (10.0) 10 13 (13.0) Data2 (mean (sd)) 39.92 (91.44) #作業フォルダにテーブルをCSVで出力 #CreateTableOneの出力をprintコマンドで出力 TestTable <- print(TestTable) #作業フォルダにcsvファイルを出力 write.csv(TestTable, file = "TestTable.csv") [/code]


CSVでの出力例

factorVarsオプション適応後のcsvをエクセルで開いたものです。Windowsでも問題がないことを確認しています。
taboneMac


少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように!!

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