Rで解析:ggplot2を簡単に!「ggpubr」パッケージ


ggplot2はデータを表現するのに有用なパッケージですが、表現するまでの手続きが面倒になる時があります。でも本パッケージを利用するとそんな面倒を解決できるかもしれません。

収録されているコマンドから利用頻度が高そうなコマンドを紹介します。他のコマンドはパッケージヘルプを確認してください。また、重複するコマンドのオプションは紹介順に省略しています。

パッケージバージョンは0.0.9999。実行コマンドはwindows 7およびOS X 10.11.5のR version 3.3.0で確認しています。

パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("devtools")
devtools::install_github("kassambara/ggpubr")

実行コマンドの紹介

詳細はコマンド、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み:libraryコマンド
library("ggpubr")

###データ例の作成#####
n <- 100
TestData <- data.frame("Group" = factor(rep(c("Group1", "Group2", "Group3", "Group4"), each = 25)),
                       "Data" = c(rnorm(25, 10), rnorm(25, 15), rnorm(25, 20), rnorm(25, 25)))
########

#密度プロットを作成:ggdensityコマンド
#データを指定:dataオプション
#x軸データを指定:xオプション
#y軸データ内容を指定:yオプション;"..density..","..count.."の指定が可能
#線のグルーピング:colorオプション;初期値black
#塗りのグルーピング:fillオプション;初期値NA
#カラーパレットを指定:paletteオプション;ggsciパッケージの"npg","aaas",
#"lancet","jco","ucscgb","uchicago","simpsons","rickandmorty"の使用が可能
#線種を指定:linetypeオプション;"twodash","longdash","dotdash","dotted",
#"dashed","solid","blank"の指定が可能
#塗透明度を指定:alphaオプション;初期値0.5
#プロットに情報を追加:addオプション;"none","mean","median"の指定が可能
#addオプション線種を指定:add.paramsオプション;listで追加
#ラグプロットを追加:rugオプション;初期値FALSE
ggdensity(data = TestData, x = "Data", y = "..count..",
          color = "Group", fill = "Group", palette = "lancet",
          linetype = "solid", alpha = 0.3, add = "mean",
          add.params = list(linetype = "dashed"), rug = TRUE, main = "TEST")

#箱ひげ図を作成:ggboxplotコマンド
#ノッチを指定:notchオプション;初期値FALSE
#プロットに情報を追加:addオプション;"none","dotplot","jitter",
#"mean","mean_se","mean_sd","mean_ci","mean_range",
#"median","median_iqr","median_mad","median_range"の指定が可能
ggboxplot(data = TestData, x = "Group", y = "Data",
          color = "Group", size = 0.5, width = 1,
          notch = FALSE, palette = "lancet",
          add = "jitter", add.params = list(color = "blue", size = 0.5),
          main = "TEST")

#pieチャートを作成:ggpieコマンド
#データラベルの位置:lab.posオプション;in,outの指定が可能
#データラベルの書式:lab.fontオプション:c(サイズ, スタイル, 色)で指定,
#lab.posオプションがoutの時は無視される
#データ例
PieData <- data.frame(Group = c("Data1", "Data2", "Data3"),
                      Value = c(25, 25, 50))
ggpie(data = PieData, x = "Value", label = "Value", lab.pos = "in",
      lab.font = c(15, "bold", "white"), color = "black",
      fill = "Group", palette = "lancet", size = 1, main = "TEST")

#バイオリンプロットを作成:ggviolinコマンド
ggviolin(data = TestData, x = "Group", y = "Data",
         fill = "Group", size = 0.5, width = 1,
         palette = "lancet", add = "boxplot",
         add.params = list(fill = "white"), main = "TEST")

出力例

・ggdensityコマンド
ggdensity

・ggboxplotコマンド
ggboxplot

・ggpieコマンド
ggpie

・ggviolinコマンド
ggviolin


少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように!!

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