Rで解析:使い方はいろいろ?インターバルデータの操作「intervals」パッケージ


間隔をもつデータを操作、プロットする「intervals」パッケージの紹介です。なお、本パッケージで使用されているIntervalsおよびIntervals_fullクラスはS4クラスで定義されいます。

S4クラスを簡単に紹介します。

S4クラスはS3クラスと異なり、slotとtypeで収録するデータが明確に示され「異なるtypeのデータ」を含まない便利な機能があります。参考までに、データを取り出すには”@”やslotコマンドを使用します。

パッケージのバージョンは0.15.1。R version 3.2.2でコマンドを確認しています。


パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("intervals")

実行コマンド

詳細はコマンド、パッケージヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("intervals")

###データ例の作成#####
InterData <- matrix(1:10, ncol = 2)
   [,1] [,2]
[1,]    1    6
[2,]    2    7
[3,]    3    8
[4,]    4    9
[5,]    5   10
########

#Intervalsクラスへの変換:Intervalsコマンド
IVData <- Intervals(InterData, type = "R")
#列名の付与
rownames(IVData) <- LETTERS[1:5]
IVData

Object of class Intervals
5 intervals over R:
A [1, 6]
B [2, 7]
C [3, 8]
D [4, 9]
E [5, 10]
#データをプロット
plot(IVData)

#Intervals_fullクラスへの変換:Intervals_fullコマンド
#Intervals_fullクラスは開始点・終了点データの編集が可能です
IVFullData <- Intervals_full(InterData)
#列名の付与
rownames(IVFullData) <- letters[1:5]
IVFullData

Object of class Intervals_full
5 intervals over R:
a [1, 6]
b [2, 7]
c [3, 8]
d [4, 9]
e [5, 10]

###以下Intervals_fullクラスへのコマンド適応例#####
#開始点・終了点データの編集:closedコマンド
closed(IVFullData)[2:3, 1] <- FALSE
closed(IVFullData)[4,2] <- FALSE
IVFullData

Object of class Intervals_full
5 intervals over R:
a [1, 6]
b (2, 7]
c (3, 8]
d [4, 9)
e [5, NA]
#データをプロット
#データが閉じられていない"("をは
#シンボルが白抜きで表示されます
plot(IVFullData)

#開始点・終了点を表示:reduceコマンド
reduce(IVFullData)

Object of class Intervals_full
1 interval over R:
[1, 10]

#eの最大終了点をNAに置換,データセット内の最大終了点は9
IVFullData[5, 2] <- NA
IVFullData

Object of class Intervals_full
5 intervals over R:
a [1, 6]
b (2, 7]
c (3, 8]
d [4, 9)
e [5, NA]
#reduceコマンド
#警告が出ますが9と表示されます
reduce(IVFullData)

Object of class Intervals_full
1 interval over R:
[1, 9)
#データをプロット
plot(IVFullData)

#開始点・終了点範囲の開始点を変更:interval_intersectionコマンド
#変更内容を指定しなければreduceコマンドと同じ結果
interval_intersection(IVFullData)

Object of class Intervals_full
1 interval over R:
[1, 9)
#開始点に値を追加
interval_intersection(IVFullData, IVFullData + 5)

Object of class Intervals_full
1 interval over R:
[6, 9)
#データセット内から外れる値を追加するとエラーが出ます
interval_intersection(IVFullData, IVFullData + 10)

Object of class Intervals_full
0 intervals over R:
Warning messages:
1: Intervals with NA endpoints removed. 
2: Intervals with NA endpoints removed. 

出力例

・Intervalsコマンド
Intervals

・開始点・終了点データの編集:closedコマンド
reduce

・最大値を変更後にプロット
NAreduce


少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように!!

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