Rで解析:データの要約に便利かも「ezsummary」パッケージ


データの要約は面倒な作業です。特に、2列に分かれているデータをA(a)のように1列で表現したい時は処理コマンドを工夫しなくてはなりません。

コマンドの工夫が面倒な方へ、データを要約を目的にした「ezsummary」パッケージから、データを1列にA(a)などと表示が可能なezmarkupコマンドをオススメします。

パッケージバージョンは0.1.9。実行コマンドはR version 3.2.2で確認しています。


パッケージのインストール

下記、コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("ezsummary")

実行コマンド

ezmarkupコマンドの他に、参考としてデータ要約のコマンドも紹介します。詳細はコメント、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("ezsummary")

###データ例の作成#####
n <- 100
TestData <- data.frame(Group = sample(paste0("Group", 1:10), n, replace = TRUE),
                       Data1 = sample(1:100, n, replace = TRUE),
                       Data2 = rnorm(n),
                       Data3 = sample(1:100, n, replace = TRUE),
                       Data4 = sample(1:100, n, replace = TRUE))
########

#データの列をまとめる:ezmarkuコマンド
#まとめ方を指定:patternオプション;"."が列を示します,[]で列をまとめます
MarkData <- ezmarkup(TestData, pattern = ".[.(.)][.(.)]")
head(MarkData)
    Group           Data1(Data2) Data3(Data4)
1  Group8 11(-0.892586596231018)       23(70)
2  Group8   12(-1.5541961046788)       42(44)
3  Group5  62(0.509548680240374)       36(67)
4 Group10   18(1.11331361886136)       46(78)
5  Group1 89(-0.396595786892319)        7(54)
6  Group7   6(-1.70261354673421)       83(16)

####おまけ#####
#データの要約:ezsummaryコマンド
ezsummary(TestData, n = FALSE, sem = FALSE, median = FALSE,
          quantile = FALSE, round.N = 3,
          flavor = "long", unit_markup = NULL)
Source: local data frame [199 x 3]
        variable mean_n  sd_p
           (chr)  (chr) (dbl)
1   Group_Group1      6  0.06
2  Group_Group10     13  0.13
3   Group_Group2     12  0.12
4   Group_Group3      7  0.07
5   Group_Group4     11  0.11
6   Group_Group5      7  0.07
7   Group_Group6     13  0.13
8   Group_Group7      9  0.09
9   Group_Group8     13  0.13
10  Group_Group9      9  0.09
..           ...    ...   ...

#データを列毎に要約:ezsummary_quantitativeコマンド
ezsummary_quantitative(TestData, n = FALSE, mean = TRUE, sd = TRUE,
                       sem = FALSE, median = FALSE, quantile = FALSE, round.N = 3,
                       flavor = "long", unit_markup = NULL)
Source: local data frame [5 x 3]
  variable   mean     sd
    (fctr)  (dbl)  (dbl)
1    Group     NA  2.845
2    Data1 50.090 30.512
3    Data2  0.023  1.027
4    Data3 54.780 27.881
5    Data4 51.310 26.330

少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように!!

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