Rで解析：ランダムな2次元情報が欲しいなら「netgen」パッケージ

公開日 2015-11-25

Rの解析に役に立つ記事

本パッケージにはランダムな2次元情報を持つポイントやクラスタの作成だけでなく、ポイント数が同じ一方のデータから他方のデータへ矢印を描写するコマンドも収録されています。何かの役に立つかもしれないので紹介します。

もちろん、作成したデータをcsvファイルで出力するコマンドも収録されています。

パッケージバージョンは1.2。実行コマンドはR version 3.2.2で確認しています。

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パッケージのインストール

下記、コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("devtools")
devtools::install_github("jakobbossek/netgen")

実行コマンド

詳細はコメント、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("netgen")

#ランダムな2次元情報を持つポイントの作成:generateRandomNetworkコマンド
#ポイント数の設定:n.pointsオプション
GRN <- generateRandomNetwork(n.points = 20, upper = 50)
#内容の確認
print(GRN)
#データのプロット
autoplot.Network(GRN)

#ランダムな2次元情報を持つクラスタの作成:generateClusteredNetworkコマンド
#クラスタ数の設定:n.clusterオプション,クラスタ数の後ろにLを付ける
#ポイント数の設定:n.pointsオプション,ポイント数の後ろにLを付ける
#上限値の設定:upperオプション
GCN <- generateClusteredNetwork(n.cluster = 2L, n.points = 20L, upper = 50)
#内容の確認
print(GCN)
#データのプロット
autoplot.Network(GCN)

#yに指定したネットワークへxに指定したネットワークから矢印を描写
#位置情報を計算:getOptimalPointMatchingコマンド
pm <- getOptimalPointMatching(GRN$coordinates, GCN$coordinates)
#visualizePointMatchingコマンド
#ポイントは2つのネットワークのポイント数が同じことです
print(visualizePointMatching(x = GRN, y = GCN, pm, highlight.longest = 2L))

#データを作業フォルダに出力:exportToFileコマンド
exportToFile(GCN, "test.csv", digits = 2L)

#作成したデータをdata.frameへ変換
TestDataNet <- as.data.frame(x)