データの分布を確認するのに便利なbeeswarmプロットをggplot2で描写するパッケージの紹介です。
パッケージバージョンは0.7.1。windows11のR version 4.2.2で確認しています。
パッケージのインストール
下記、コマンドを実行してください。
#パッケージのインストール
install.packages("ggbeeswarm")
実行コマンド
詳細はコメント、パッケージのヘルプを確認してください。
#パッケージの読み込み
library("ggbeeswarm")
###データ例の作成#####
#tidyverseパッケージがなければインストール
if(!require("tidyverse", quietly = TRUE)){
install.packages("tidyverse");require("tidyverse")
}
#monochromeRパッケージでカラーパレットを作成
#https://www.karada-good.net/analyticsr/r-647/
if(!require("monochromeR", quietly = TRUE)){
install.packages("monochromeR");require("monochromeR")
}
#カラーパレットを作成
ColPalette <- factor(generate_palette(colour = "#deb7a0",
modification = "go_lighter",
n_colours = 5, view_palette = FALSE))
#データ例の作成
n <- 300
TestData <- tibble(Group = sample(paste0("Group", 1:5),
n, replace = TRUE),
Data = rnorm(n)) %>%
mutate(Color = case_when(Group == "Group1" ~ ColPalette[1],
Group == "Group2" ~ ColPalette[2],
Group == "Group3" ~ ColPalette[3],
Group == "Group4" ~ ColPalette[4],
Group == "Group5" ~ ColPalette[5]))
########
####### #プロット雛形を作成
PlotData <- ggplot(TestData, aes(x = Group, y = Data,
color = Color))
#Beeswarmプロット:geom_quasirandomコマンド
PlotData + geom_quasirandom(cex = 2) +
theme_dark() + scale_colour_identity()
#Beeswarmプロット:geom_beeswarmコマンド
#点の配置方法を指定:priorityオプション;
#"ascending","descending","density","random","none"
PlotData + geom_beeswarm(dodge.width = 0.7,
priority = "density",
cex = 2) +
theme_dark() + scale_colour_identity()
出力例
・geom_quasirandomコマンド
・geom_beeswarmコマンド
少しでも、あなたの解析が楽になりますように!!