Rで解析：カイ二乗検定とフィッシャーの正確確率検定のコマンド紹介

カイ二乗検定とフィッシャーの正確確率検定は2つのカテゴリー、例えば「甘いものが好きか？辛いものが好きか？をYes, Noで答えたアンケート」等でよく使われる手法だと思います。

なお、カイ二乗検定のコマンドchisq.testは初期設定でイェーツの補正が設定されていますのでご注意を。

また、フィッシャーの正確確率検定はいくつかのセルの期待頻度が4以下の分割表の解析で使用されます。

chisq.testで「カイ自乗近似は不正確かもしれません」と表示されたら使用してみてください。

コマンド

各コマンドの詳細オプションはヘルプを確認してください。

###&#12487;&#12540;&#12479;&#20363;&#12398;&#28310;&#20633;#####
#&#12459;&#12452;&#20108;&#20055;&#26908;&#23450;
A <- matrix(c(34, 56, 78, 20), 2, 2)
rownames(A) <- c("&#29976;&#12356;YES", "&#29976;&#12356;NO")
colnames(A) <- c("&#36763;&#12356;YES", "&#36763;&#12356;NO")

#&#12501;&#12451;&#12483;&#12471;&#12515;&#12540;&#12398;&#27491;&#30906;&#30906;&#29575;&#26908;&#23450;
B <- matrix(c(10, 3, 8, 5), 2, 2)
rownames(B) <- c("&#29976;&#12356;YES", "&#29976;&#12356;NO")
colnames(B) <- c("&#36763;&#12356;YES", "&#36763;&#12356;NO")
########

###&#12459;&#12452;&#20108;&#20055;&#26908;&#23450;&#12398;&#23455;&#26045;#####
chisq.test(A, correct = TRUE)

Pearson's Chi-squared test with Yates' continuity correction

data:  A
X-squared = 32.3455, df = 1, p-value = 1.291e-08

#&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;&#12398;&#35500;&#26126;
#correct: &#12452;&#12455;&#12540;&#12484;&#12398;&#35036;&#27491;&#12354;&#12426;:TRUE, &#12394;&#12375;:FALSE
########

###&#12501;&#12451;&#12483;&#12471;&#12515;&#12540;&#12398;&#27491;&#30906;&#30906;&#29575;&#26908;&#23450;&#12398;&#23455;&#26045;#####
fisher.test(B)

Fisher's Exact Test for Count Data

data:  B
p-value = 0.6728
alternative hypothesis: true odds ratio is not equal to 1
95 percent confidence interval:
  0.2865882 17.2494472
sample estimates:
odds ratio 
  2.024723 
########

少しでも、あなたの解析が楽になりますように！！