Rで解析:データの特徴をヒートマップで確認「superheat」パッケージ


データの特徴をヒートマップで確認するパッケージです。色々な使い道があると思います。y軸方向に箱ひげ図や棒グラフなどを追記することができます。

出力を元に、議論することで新たな解釈が作り出せると考えます。ぜひ、各種資料に活用ください。

詳細はパッケージヘルプを確認してください。グラフィカルにデータの特徴を確認できるので便利なパッケージです。

パッケージバージョンは0.1。実行コマンドはwindows 7およびOS X 10.11.2のR version 3.2.3で確認しています。


パッケージのインストール

下記、コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("devtools")
devtools::install_github("rlbarter/superheat")

実行コマンド

詳細はコメント、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("superheat")
#install.packages("scales")
library("scales")

###データ例の作成#####
n <- 30 TestData <- data.frame(Group = sample(paste0("Group", 1:5), n, replace = TRUE), Data1 = rnorm(n), Data2 = rnorm(n), Data3 = rnorm(n) + rnorm(n) + rnorm(n)) ####### #色の指定:scalesパッケージ x <- seq(0, 1, length = 5) ColData <- seq_gradient_pal(c("#e1e6ea", "#505457", "#4b61ba", "#a87963", "#d9bb9c", "#756c6d", "#807765", "#ad8a80"))(x) #ヒートマップの描写:superheatコマンド #x軸の設定:Xオプション #y軸の設定:yrオプション #y軸のグループ分割:membership.rowsオプション #補助プロット内容:yr.plot.typeオプション; #scatter","bar","boxplot","scattersmooth","smooth","scatterline","line"の設定が可能 #補助プロットの色設定:yr.palオプション #ヒートマップの色設定:heat.palオプション #y軸ラベルの色設定:left.label.palオプション #x軸ラベルの大きさ:bottom.label.sizeオプション #x軸の向き:bottom.text.angleオプション #y軸の大きさ:left.text.sizeオプション #y軸の向き:left.text.angleオプション superheat(X = TestData[, 2:3], yr = TestData[, 4], membership.rows = TestData[, 1], yr.axis.name = "TEST NAME", yr.plot.type = "scatterline", yr.pal = ColData, heat.pal = ColData, left.label.pal = ColData, bottom.label.size = 0.3, bottom.text.angle = 90, left.text.size = 5, left.text.angle = NULL) [/code]


出力例

・superheatコマンド
superheat


少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように!!

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