Rで解析:データの特徴をヒートマップで確認「superheat」パッケージ


データの特徴をヒートマップで確認するパッケージです。色々な使い道があると思います。y軸方向に箱ひげ図や棒グラフなどを追記することができます。

出力を元に、議論することで新たな解釈が作り出せると考えます。ぜひ、各種資料に活用ください。

詳細はパッケージヘルプを確認してください。グラフィカルにデータの特徴を確認できるので便利なパッケージです。

パッケージバージョンは0.1。実行コマンドはwindows 7およびOS X 10.11.2のR version 3.2.3で確認しています。


パッケージのインストール

下記、コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("devtools")
devtools::install_github("rlbarter/superheat")

実行コマンド

詳細はコメント、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("superheat")
#install.packages("scales")
library("scales")

###データ例の作成#####
n <- 30
TestData <- data.frame(Group = sample(paste0("Group", 1:5), n, replace = TRUE),
                       Data1 = rnorm(n),
                       Data2 = rnorm(n),
                       Data3 = rnorm(n) + rnorm(n) + rnorm(n))
#######

#色の指定:scalesパッケージ
x <- seq(0, 1, length = 5)
ColData <- seq_gradient_pal(c("#e1e6ea", "#505457", "#4b61ba", "#a87963",
                            "#d9bb9c", "#756c6d", "#807765", "#ad8a80"))(x)

#ヒートマップの描写:superheatコマンド
#x軸の設定:Xオプション
#y軸の設定:yrオプション
#y軸のグループ分割:membership.rowsオプション
#補助プロット内容:yr.plot.typeオプション;
#scatter","bar","boxplot","scattersmooth","smooth","scatterline","line"の設定が可能
#補助プロットの色設定:yr.palオプション
#ヒートマップの色設定:heat.palオプション
#y軸ラベルの色設定:left.label.palオプション
#x軸ラベルの大きさ:bottom.label.sizeオプション
#x軸の向き:bottom.text.angleオプション
#y軸の大きさ:left.text.sizeオプション
#y軸の向き:left.text.angleオプション
superheat(X = TestData[, 2:3], 
          yr = TestData[, 4],
          membership.rows = TestData[, 1],
          yr.axis.name = "TEST NAME",
          yr.plot.type = "scatterline",
          yr.pal = ColData,
          heat.pal = ColData,
          left.label.pal = ColData,
          bottom.label.size = 0.3,
          bottom.text.angle = 90,
          left.text.size = 5,
          left.text.angle = NULL)

出力例

・superheatコマンド
superheat


少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように!!

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