Rで解析:インタラクティブなネットワーク図「networkD3」パッケージ

Rの解析に役に立つ記事
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ネットワーク図をインタラクティブに操作できる「networkD3」を紹介します。使えそうなパッケージです。基本的なコマンドを紹介します。系統樹までインタラクティブです。


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パッケージのインストール

下記のコマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("networkD3")

コマンド

直接出力する方法とHTMLに組み込み出力する方法を紹介します。グラフの内容は同じです。

#パッケージの読み込み
library("networkD3") #ネットワーク図作成に必要
library("magrittr") #HTMLで出力するのに必要

###シンプルなネットワーク図の作成#####

#データの準備
src <- c("A", "A", "A", "A", "B", "B", "C", "C", "D")
target <- c("B", "C", "D", "J", "E", "F", "G", "H", "I")
networkData <- data.frame(src, target)

#&#12464;&#12521;&#12501;&#12398;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;
simpleNetwork(networkData, width = NULL, height = NULL, fontSize = 20,
              textColour = "blue", linkColour = "red",
              nodeColour = "green", opacity = 1, charge = -200)

#&#12464;&#12521;&#12501;&#12434;&#20316;&#26989;&#12501;&#12457;&#12523;&#12480;&#12395;&#20445;&#23384;
NwtworkPlot <- simpleNetwork(networkData, width = NULL, height = NULL, fontSize = 20,
                                textColour = "blue", linkColour = "red",
                                nodeColour = "green", opacity = 1, charge = -200)
saveNetwork(network = NwtworkPlot , file = 'simple.html', selfcontained = TRUE)

########

###&#35079;&#38609;&#12394;&#12493;&#12483;&#12488;&#12527;&#12540;&#12463;&#22259;&#12398;&#20316;&#25104;#####
#&#12487;&#12540;&#12479;&#12398;&#35501;&#12415;&#36796;&#12415;&#12290;forceNetwork&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;&#12395;&#12399;Links&#12392;Nodes&#12398;&#12487;&#12540;&#12479;&#12364;&#24517;&#35201;&#12391;&#12377;&#12290;
data(MisLinks)
data(MisNodes)

#&#12464;&#12521;&#12501;&#12398;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;
forceNetwork(Links = MisLinks, Nodes = MisNodes, Source = "source",
             Target = "target", Value = "value", NodeID = "name",
             Group = "group", opacity = 1,
             colourScale = "d3.scale.category20b()")

#&#12464;&#12521;&#12501;&#12434;&#20316;&#26989;&#12501;&#12457;&#12523;&#12480;&#12395;&#20445;&#23384;&#12290;&#12497;&#12452;&#12503;&#26041;&#24335;&#12391;&#12418;&#21487;&#33021;&#12391;&#12377;&#12290;
forceNetwork(Links = MisLinks, Nodes = MisNodes, Source = "source",
             Target = "target", Value = "value", NodeID = "name",
             Group = "group", opacity = 1,
             colourScale = "d3.scale.category20b()") %&gt;% saveNetwork(file = 'forceNetwork.html', selfcontained = TRUE)
########

プロット例

シンプルなネットワーク図


少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように!!

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