Rで解析:配列の操作が便利になります「gapfill」パッケージ


投稿日: Rの解析に役に立つ記事

array classの操作が便利になるパッケージの紹介です。配列をヒートマップで表現するコマンドも収録されています。データの特徴を把握するのに便利です。

パッケージバージョンは0.9.3。実行コマンドはwindows 7およびOS X 10.11.2のR version 3.2.4で確認しています。

パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("gapfill")

実行コマンドの紹介

詳細はコマンド内を確認ください。

#パッケージの読み込み
library("gapfill")

###データ例の作成#####
TestData <- array(data = 1:10, dim = c(2, 2, 2, 2))
, , 1, 1
     [,1] [,2]
[1,]    1    3
[2,]    2    4
, , 2, 1
     [,1] [,2]
[1,]    5    7
[2,]    6    8
, , 1, 2
     [,1] [,2]
[1,]    9    1
[2,]   10    2
, , 2, 2
     [,1] [,2]
[1,]    3    5
[2,]    4    6
########

#配列を行列に変換:Array2Matrixコマンド
Array2Matrix(a = TestData)
     [,1] [,2] [,3] [,4]
[1,]    1    5    9    3
[2,]    2    6   10    4
[3,]    3    7    1    5
[4,]    4    8    2    6

#配列からデータを個別に抽出:ArrayAroundコマンド
#データを取り出す位置を指定:mpオプション;c(列,行,次元,次元)
#データを取り出す範囲を指定:sizeオプション;c(列,行,次元,次元)
#例はTestData[1:2, 1, 1:2, 2]と同じ
ArrayAround(data = TestData, mp = c(1, 1, 2, 2),  size = c(1, 0, 1, 0))
, , 1, 1
     [,1]
[1,]    9
[2,]   10
, , 2, 1
     [,1]
[1,]    3
[2,]    4
attr(,"mp")
[1] 1 1 2 1

#配列をプロット:Imageコマンド
#色の設定:colオプション
#欠損値の色:na.valueオプション
Image(TestData, col = fields::tim.colors(1000), na.value = "black")

#指定したデータの範囲以外を置換:Gapfillコマンド
#データの範囲を指定:clipRangeオプション
GetGap <- Gapfill(TestData, clipRange = c(3, 10))
$fill
, , 1, 1
     [,1] [,2]
[1,]    3    3
[2,]    3    4
, , 2, 1
     [,1] [,2]
[1,]    5    7
[2,]    6    8
, , 1, 2
     [,1] [,2]
[1,]    9    3
[2,]   10    3
, , 2, 2
     [,1] [,2]
[1,]    3    5
[2,]    4    6
$mps
integer(0)
$time
$time$start
[1] "2016-05-05 22:56:12 WIT"
$time$end
[1] "2016-05-05 22:56:12 WIT"
$time$elapsedMins
Time difference of 1.17143e-05 mins
$time$elapsedSecsPerNA
Time difference of Inf secs
$call
Gapfill(data = TestData, clipRange = c(3, 10))
#プロット
Image(GetGap$fill)

出力例

・Imageコマンド
Image

・Gapfillコマンドで操作後にImageコマンド
Gapfill


少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように!!

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