Rで解析:Shinyで習作「PubMedクラウド」


投稿日: Rの解析に役に立つ記事

Shinyの習作です。「easyPubMed」パッケージなどを利用して論文タイトルからワードクラウドを作成する例です。

Shinyアプリの概要はネットで多く紹介されているので省略します。紹介コマンドをコピー後にRStudioを利用し「ui.R」と「server.R」を用意、メニューのRun Appをクリックすると作動します。

RStudioのversion 1.0.136。windows 10のR version 3.3.2で動作を確認しています。


コマンドの紹介

詳細はコマンド、各パッケージのヘルプを確認してください。

ui.Rの内容

#ui.R
#可変レイアウト
shinyUI(fluidPage(
  #タイトルを指定
  titlePanel("PubMedでWordCloud"),
  #1行目:可変レイアウト
  fluidRow(plotOutput("WordCloud",  width = "100%")),
  #2行目:可変レイアウト
  fluidRow(
    #1列目
    column(2, textInput("QueryWord", "クエリ", "クエリを入力"),
           textInput("GetPaper", "取得論文数", "100"),
           actionButton("GoWordCloud", "ワードクラウドを作成")),
    #2列目
    column(10, sliderInput("CountWord", "単語出現数", min = 1, max = 20, value = 5, step = 1))
  )
)
)

server.Rの内容

#server.R
#パッケージの読み込み
if (!require("easyPubMed")) {
  install.packages("easyPubMed")}
if (!require("tm")) {
  install.packages("tm")}
if (!require("wordcloud")) {
  install.packages("wordcloud")}
if (!require("tcltk")) {
  install.packages("tcltk")}

shinyServer(function(input, output) {
  
  output$WordCloud <- renderPlot({
    #GoWordCloudボタンが押されるまで動作しない
    input$GoWordCloud
    #isolateがポイント
    isolate(
      if("クエリを入力" == input$QueryWord){
        
      }else{
        
        #結果の取得
        ALL_Result <- get_pubmed_ids(input$QueryWord)
        GetResult <- fetch_pubmed_data(ALL_Result,
                                       retmax = input$GetPaper, format = "xml")
        
        #論文タイトルを取得
        TitleData <- unlist(xpathApply(GetResult, "//ArticleTitle", xmlValue))
        
        ###テキストマイニングの設定、お好みに合わせてください#####
        CorMaster <- Corpus(DataframeSource(data.frame(TitleData))) #コーパスの作成
        CorMaster <- tm_map(CorMaster, stripWhitespace) #空白の削除
        CorMaster <- tm_map(CorMaster, removeNumbers) #数字の削除
        CorMaster <- tm_map(CorMaster, removePunctuation) #句読点の削除
        CorMaster <- tm_map(CorMaster, removeWords, stopwords("english")) #and, or等の削除
        TermVec <- DocumentTermMatrix(CorMaster) #タームマトリックスの集計
        ########
        
        ###単語解析結果をデータフレーム化#####
        #単語の出現率を集計
        AnalyticsAllWords <- as.data.frame(apply(TermVec, 2, sum))
        AnalyticsAllWords <- cbind(rownames(AnalyticsAllWords), AnalyticsAllWords)
        #除去したい単語を設定
        AnalyticsAllWords <- subset(AnalyticsAllWords, !(AnalyticsAllWords[, 1] %in% c("the", "this", "can", "thus", "these")))
        ########
        
      })
    #かなり強引に処理
    if(exists("AnalyticsAllWords") == TRUE){
      AnalyticsWords <- subset(AnalyticsAllWords, AnalyticsAllWords[, 2] >= input$CountWord)
      #プロット
       wordcloud(AnalyticsWords[, 1], AnalyticsWords[, 2], scale = c(8, .1),
                 random.order = FALSE, rot.per = .10, colors = brewer.pal(8, "Dark2"))
    }else{
      NULL
    }
  })
}) 

出力例

・R Statics

・Leptailurus serval


少しでも、あなたの解析が楽になりますように!!動物に関する論文を検索したことがありませんでしたが、Leptailurus servalは意外と少ないです。検索の仕方が悪いかもしれません。

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