Rで解析：ggplot2のプロットに有意差バーを追加！「ggsignifr」パッケージ

公開日 2022-01-11

Rの解析に役に立つ記事

「ggplot2」パッケージのプロットに有意差バーを追加するパッケージの紹介です。出力例を確認してください。

パッケージバージョンは0.6.3。実行コマンドはwindows 11のR version 4.1.2で動作を確認しています。

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パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("ggsignif")

実行コマンド

詳細はコマンド、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("ggsignif")

#ggplot2を利用するためにtidyverseパッケージを読み込み
#tidyverseパッケージがなければインストール
if(!require("tidyverse", quietly = TRUE)){
  install.packages("tidyverse");require("tidyverse")
}

###データ例の作成#####
TestData <- data.frame("Group" = c(rep("Group1", 50), sample(paste0("Group", 2:3), 50, replace = TRUE)),
                       "Data1" = c(sample(c(1:8), 10, replace = TRUE),
                                   sample(2:8, 40, replace = TRUE),
                                   sample(4:7, 50, replace = TRUE)))
########

###プロット例の作成#####
#箱ひげ
BoxPlot <- ggplot(TestData, aes(x = Group, y = Data1)) +
  geom_boxplot(fill = "lightblue")
#棒グラフ
HistPlot <- ggplot(TestData, aes(x = Group, y = Data1, group = Group)) +
  geom_histogram(aes(fill = Group), stat = "identity") 
########

#プロットに有意差表示:geom_signifコマンド
#変数を指定:comparisonsオプション;listで指定
#2変数の検定手法を設定:testオプション;t.test,wilcox.testなどが指定可能
#欠損値を除去して計算:na.rmオプション
#検定結果をアスタリスクで表示:map_signif_levelオプション;"***"=0.001,"**"=0.01,"*"=0.05
###プロット#####
BoxPlot +
  geom_signif(comparisons = list(c("Group1", "Group2")),
              test = "t.test", na.rm = FALSE, map_signif_level = TRUE, col = "red")

#検定を利用せずに手動で有意差表示を追加
#statオプション:"identity"
###表示位置はdata.frameで指定;x,xend,y,annotation等で指定####
###表示位置データの準備#####
PlotPoint <- data.frame(x = c(0.8, 1.8, 2.8, 0.8),
                        y = c(8.2, 7.5, 2.5, 8.7),
                        xend = c(1.2, 2.2, 3.2, 3.2),
                        yend = c(8.2, 7.5, 2.5, 8.7),
                        annotation = c("***", "0.05", "**", "NS"))
###プロット#####
BoxPlot +
  geom_signif(data = PlotPoint, 
              aes(x = x, xend = xend,
                  y = y, yend = yend,
                  annotation = annotation),
              stat = "identity", col = "red")