Rで解析:ggplot2でjoyplotを作成「ggjoy」パッケージ


投稿日: Rの解析に役に立つ記事

joyplotは多数の分布の変化を把握するのに便利な表現方法だと考えます。そんな、joyplotをggplot2で作成できるパッケージの紹介です。

本パッケージの利用方法ですが、データを用意しggplotコマンドにgeom_joyまたはgom_joy2コマンドを加えるだけです。直感的に使用できると考えます。

紹介では気象庁から22.05.03の各都道府県の最高気温を0:00から23:00まで1時間毎に取得し、joyplotを作成しました。

なお、本パッケージは記事作成時に入手可能ですが「ggridges」パッケージへの移行が推奨されています。

パッケージバージョンは0.4.1。実行コマンドはwindows 11のR version 4.1.2で確認しています。

パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("ggjoy")

気象庁から最高気温を取得

最高気温はNewMaxTempに格納しています。

#「tidyverse」パッケージを読み込み
if(!require("tidyverse", quietly = TRUE)){
  install.packages("tidyverse");require("tidyverse")
}
#都道府県を準備
JpanPref <- c("北海道", "青森県", "岩手県", "宮城県", "福島県", "茨城県", "千葉県",
              "秋田県", "山形県", "新潟県", "栃木県", "埼玉県", "東京都", "群馬県",
              "山梨県", "神奈川県", "富山県", "長野県", "静岡県", "石川県", "福井県",
              "岐阜県", "愛知県", "滋賀県", "三重県", "京都府", "奈良県", "和歌山県",
              "兵庫県", "大阪府", "鳥取県", "岡山県", "島根県", "広島県", "香川県",
              "徳島県", "愛媛県", "高知県", "山口県", "福岡県", "大分県", "宮崎県",
              "佐賀県", "熊本県", "鹿児島県", "長崎県", "沖縄県")

#時間文字列を作成
Hour <- paste0(formatC(0:23, width = 2, flag = "0"), "00")

#データ保管用変数
NewMaxTemp <- data.frame()

for(i in seq(Hour)){
  ###気象庁より20220503の毎時の最高気温を取得#####
  #参考:https://www.data.jma.go.jp/obd/stats/data/mdrr/docs/csv_dl_readme.html
  MaxTemp <- read.csv(paste0("https://www.data.jma.go.jp/obd/stats/data/mdrr/tem_rct/alltable/mxtemsadext00_20220503", Hour[i], ".csv"),
                         header = T, fileEncoding = "cp932")
  #最高気温処理
  GetMaxTemp <- NULL
  for(n in 1:47){
    #都道府県を抽出
    GetPrefData <- MaxTemp[which(MaxTemp[, 2] %in% grep(JpanPref[n], MaxTemp[, 2], value = TRUE)),]
    #最高気温を降順で並び替え
    GetPrefData <- GetPrefData[order(GetPrefData[, 10], decreasing = TRUE),]
    #最高気温を取得
    GetMaxTemp <- c(GetMaxTemp, GetPrefData[1, 10])
  }
  
  HourTemp <- cbind(Hour[i], JpanPref, GetMaxTemp)
  NewMaxTemp <- rbind(NewMaxTemp, HourTemp)
  
}

#列名を付与
colnames(NewMaxTemp) <- c("Hour", "Pref", "MaxTemp")

#最高気温を数値化
NewMaxTemp[, 3] <- type.convert(NewMaxTemp[, 3], as.is = TRUE)

#最高気温で都道府県を並び替え
#準備
NewMaxTemp %>%
  group_by(Pref) %>%
  summarise(Max = max(MaxTemp)) %>%
  arrange(Max) %>%
  mutate(Pref = factor(Pref)) %>%
  select(Pref) -> OrderVecPref
#並び替え
NewMaxTemp %>%
  mutate(Pref = factor(Pref, levels = OrderVecPref$Pref)) -> NewMaxTemp

コマンドの紹介

詳細はコマンド、パッケージのヘルプを確認してください。体裁はggplot2のコマンドで調整可能です。

#パッケージの読み込み
library("ggjoy")

#joyplotの作成
ggplot(NewMaxTemp, aes(x = MaxTemp, y = Pref, fill = Pref)) +
  geom_joy(show.legend = F) +
  geom_vline(xintercept = 26.6, col = "#ffc1c1") +
  theme(axis.text.y = element_text(size = 7.5),
        axis.text = element_text(colour = "#ffffe0"),
        panel.grid = element_blank(),
        panel.background = element_rect(fill = "#0a0a0a"),
        plot.background = element_rect(fill = "#0a0a0a"),
        plot.margin = unit(rep(0.2, 4), "cm"))

出力例

・joyplotの作成


少しでも、あなたの解析が楽になりますように!!

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