Rで解析:デンドログラムのラベルの色分けに役立ちます。「colorhcplot」パッケージ

Rの解析に役に立つ記事
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デンドログラムのラベルをグループで色分けするのに便利なパッケージの紹介です。

パッケージバージョンは1.3.1。実行コマンドはwindows 11のR version 4.1.2で確認しています。


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パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("colorhcplot")

コマンドの紹介

詳細はコマンド、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("colorhcplot")

###データ例の作成#####
set.seed(1234)
n <- 10
TestData <- data.frame(row.names = paste0("ID", 1:n),
                       Group = as.factor(sample(paste0("Group", 1:3),
                                                n, replace = TRUE)),
                       Test_A = rnorm(n), Test_B = rnorm(n), Test_C = rnorm(n))
########

#&#36317;&#38626;&#12398;&#35336;&#31639;
#spearman&#12434;&#21033;&#29992;&#12377;&#12427;&#12383;&#12417;amap&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12434;&#35501;&#36796;
#amap&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12364;&#12394;&#12369;&#12428;&#12400;&#12452;&#12531;&#12473;&#12488;&#12540;&#12523;
if(!require("amap", quietly = TRUE)){
  install.packages("amap");require("amap")
}
#&#35336;&#31639;
DistData <- Dist(TestData[, -1], method = "spearman")
#&#12463;&#12521;&#12473;&#12479;&#12522;&#12531;&#12464;
#method&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;:"ward.D","ward.D2","single","complete","average",
#"mcquitty","median","centroid"&#12398;&#25351;&#23450;&#12364;&#21487;&#33021;
hTestData <- hclust(DistData, method = "complete")
########

#&#12487;&#12531;&#12489;&#12525;&#12464;&#12521;&#12512;&#12434;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;:colorhcplot&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;
#&#12487;&#12540;&#12479;&#12434;&#25351;&#23450;:hc&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
#&#12464;&#12523;&#12540;&#12503;&#12487;&#12540;&#12479;&#12434;&#25351;&#23450;:fac&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
#&#12495;&#12531;&#12464;&#20516;&#12398;&#25351;&#23450;:hang&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;:&#36000;&#12398;&#20516;&#12391;&#12521;&#12505;&#12523;&#12364;&#24213;&#12395;&#12394;&#12426;&#12414;&#12377;
#y&#36600;&#12521;&#12505;&#12523;&#12398;&#21521;&#12365;:las&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;1:&#32294;,0:&#27178;
colorhcplot(hc = hTestData, fac = TestData[, 1],
            hang = -1, main = "Karada Good",
            lab.cex = 1.3, lwd = 2, las = 1,
            color = c("chartreuse2", "orange2", "blue"))

出力例

・colorhcplotコマンド


少しでも、あなたの解析が楽になりますように!!

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