Rで解析:要約値箱ひげ図のプロット「lvplot」パッケージ


Descriptionでletter value boxplotと記述があり、要約値箱ひげ図という表現が良いのか悩みます。データ分布を表現する一つの手段で便利な表現方法です。

基本プロットだけでなく「ggplot2」パッケージでも利用することができます。データ分布の確認に便利です。

パッケージバージョンは0.1.1。実行コマンドはwindows 7およびOS X 10.11.2のR version 3.2.3で確認しています。

パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("devtools")
devtools::install_github("hadley/lvplot")

実行コマンドの紹介

詳細はコマンド内を確認ください。

#パッケージの読み込み
library("lvplot")

#要約値箱ひげ図のプロット:LVboxplotコマンド
par(mfrow=c(4,2), mar=c(3,3,3,3))
for (i in 1:4) {
  x <- rexp(10 ^ (i + 1))
  boxplot(x, col = "lightblue", horizontal = TRUE)
  title(paste("rexp, n = ", length(x)))
  LVboxplot(x, col = "lightblue", xlab = "")
}

#ggplot2でプロット:geom_lvplotコマンド
library("ggplot2")
#カラーパレット作製
library("scales")
###プロットデータの作製#####
PlotData <- NULL
for (i in 1:4) {
  
  EXPData <- cbind(i, rexp(10 ^ (i + 1)))
  PlotData <- rbind(PlotData, EXPData)

}
PlotData <- as.data.frame(PlotData)
#######
ggplot(PlotData, aes(PlotData[, 1], PlotData[, 2])) +
  geom_lvplot(aes(fill=..LV..)) +
  scale_fill_manual(values = seq_gradient_pal(c("#e1e6ea", "#505457", "#4b61ba", "#a87963",
                                                "#d9bb9c", "#756c6d", "#807765", "#ad8a80"))(seq(0, 1, length = 14))) +
  facet_wrap(~i)

出力例

・LVboxplotコマンド
LVboxplot

・geom_lvplotコマンド
geom_lvplot


少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように!!

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