Rで解析:デンドログラムのラベルの色分けに役立ちます。「colorhcplot」パッケージ


デンドログラムのラベルをグループで色分けするのに便利なパッケージの紹介です。

パッケージバージョンは1.3.1。実行コマンドはwindows 11のR version 4.1.2で確認しています。


パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("colorhcplot")

コマンドの紹介

詳細はコマンド、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("colorhcplot")

###データ例の作成#####
set.seed(1234)
n <- 10
TestData <- data.frame(row.names = paste0("ID", 1:n),
                       Group = as.factor(sample(paste0("Group", 1:3),
                                                n, replace = TRUE)),
                       Test_A = rnorm(n), Test_B = rnorm(n), Test_C = rnorm(n))
########

#距離の計算
#spearmanを利用するためamapパッケージを読込
#amapパッケージがなければインストール
if(!require("amap", quietly = TRUE)){
  install.packages("amap");require("amap")
}
#計算
DistData <- Dist(TestData[, -1], method = "spearman")
#クラスタリング
#methodオプション:"ward.D","ward.D2","single","complete","average",
#"mcquitty","median","centroid"の指定が可能
hTestData <- hclust(DistData, method = "complete")
########

#デンドログラムをプロット:colorhcplotコマンド
#データを指定:hcオプション
#グループデータを指定:facオプション
#ハング値の指定:hangオプション:負の値でラベルが底になります
#y軸ラベルの向き:lasオプション;1:縦,0:横
colorhcplot(hc = hTestData, fac = TestData[, 1],
            hang = -1, main = "Karada Good",
            lab.cex = 1.3, lwd = 2, las = 1,
            color = c("chartreuse2", "orange2", "blue"))

出力例

・colorhcplotコマンド


少しでも、あなたの解析が楽になりますように!!

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