Rで解析:ユニバーサルなパレットと色の確認「colorblindcheck」パッケージ


2色覚(P型色覚、D型色覚、T型色覚)に対応したカラーパレットが17種類と各2色覚で指定した色の見え方を確認できるパッケージの紹介です。

色の見え方を確認する「dichromat」コマンドと共に、収録カラーパレットを実行コマンドとRmdファイルで紹介します。Rmdファイルの実行前に「パッケージのインストール」のコマンドを実行してください。なお、実行はRStudioがおすすめです。

パッケージバージョンは2.0-0.1。実行コマンドはRStudioのRStudio Desktop 2021.09.2+382、windows 11のR version 4.1.3で確認しています。

パッケージのインストール

下記、コマンドを実行してください。

install.packages("dichromat")
#以下、収録カラーパレット確認コマンドとRmdファイル実行に必要なパッケージ
install.packages("tidyverse")
install.packages("flexdashboard")
install.packages("DT")

実行コマンド

詳細はコメント、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("dichromat")

#色の見え方確認:dichromatコマンド
#色覚型を指定:typeオプション;"deutan","protan","tritan"

###プロット準備#####
#https://www.karada-good.net/analyticsr/r-109/
ColPal <- c("#e1e6ea", "#505457", "#4b61ba", "#a87963",
            "#d9bb9c", "#756c6d", "#807765", "#ad8a80")
par(mfrow = c(4, 1), mar = c(0, 5, 0, 0)))
image(1:8, 1, matrix(1:8, 8),
      col = ColPal, axes = FALSE,
      xlab = "", ylab = "Original",
      cex.lab = 2.5)
CheckCol <- c("deutan", "protan", "tritan")
########

#dichromatコマンドの実行
for(n in seq(CheckCol)){
  
  GetCol <- dichromat(ColPal, type = CheckCol[n])
  #base::imadeコマンドでプロット
  image(1:8, 1, matrix(1:8, 8),
        col = GetCol, axes = FALSE,
        xlab = "", ylab = CheckCol[n],
        cex.lab = 2.5)
}

出力例

・dichromatコマンドの実行

収録カラーパレット確認コマンドとRmdファイル

詳細はコマンド、パッケージヘルプを確認してください。

---
title: "dichromatパッケージ"
output:
  flexdashboard::flex_dashboard:
    orientation: columns
    social: menu
    source_code: embed
runtime: shiny
---

```{r global, include=FALSE}
#必要パッケージの読み込み
library("dichromat")
library("tidyverse")
library("flexdashboard")
library("DT")

###データ例の作成#####
n <- 100
TestData <- data.frame("Group" = sample(paste0("Group", 1:3), n, replace = TRUE),
                       "Data1" = sample(1:10, n, replace = TRUE),
                       "Data2" = sample(LETTERS[1:24], n, replace = TRUE))
########
#「dichromat」パッケージ:カラーパレット名:17種類
GgSColName <- names(colorschemes)
```

Column {data-width=500}
-------------------------------------
```{r}
selectInput('Colpal', '収録カラーパレット:17種類', GgSColName)

```

```{r}
renderDataTable({
  PalData <- eval(parse(text = paste0("colorschemes$", input$Colpal)))
  ColCodeData <- data.frame("Color_Code" = PalData,
                            "Color" = "")
  datatable(ColCodeData, rownames = FALSE,
            options = list(pageLength = 7, lengthMenu = c(5, 10, 20))) %>%
    formatStyle("Color_Code", textAlign = "center") %>%
    formatStyle("Color", valueColumns = "Color_Code", color = "white",
                fontWeight = "bold", textAlign = "center",
                backgroundColor = styleEqual(ColCodeData[, 1], ColCodeData[, 1]))
})
```

###ggplot2:カラーパレット表示
```{r}
renderPlot({
  PalCol <- tibble(ColCode = eval(parse(text = paste0("colorschemes$", input$Colpal))))
  ggplot(PalCol, aes(x = ColCode, y = 1, fill = ColCode, label = ColCode)) +
  geom_raster() + 
  annotate("rect", xmin = -Inf, xmax = Inf,
           ymin = 0.93, ymax = 1.07, alpha = 0.7, fill = "white") +
  geom_text(aes(label = input$Colpal, x = (nrow(PalCol)+1)/2, y = 1),
            color = "black", size = 8) +
  scale_fill_manual(values = as.character(PalCol$ColCode), guide = "none") +
  theme_void()
}, height = 200)
```

Column {data-width=500}
-------------------------------------
###ggplot2:colorに適応
```{r}
renderPlot({
  PalData <- eval(parse(text = paste0("colorschemes$", input$Colpal)))
  ggplot(TestData,
         aes(x = Data1, y = Data2, col = Group)) +
    geom_point(size = 10) +
    theme_bw() +
    scale_color_manual(values = as.character(sample(PalData, 3))) +
    labs(title = paste0("Palette Name:", input$Colpal))
}, height = 350)
```

###ggplot2:fillに適応
```{r}
renderPlot({
  PalData <- eval(parse(text = paste0("colorschemes$", input$Colpal)))
  ggplot(TestData,
         aes(x = Data2, fill = Group)) +
    geom_bar(stat = "count") + theme_bw() +
    scale_fill_manual(values = as.character(sample(PalData, 3))) +
    labs(title = paste0("Palette Name:", input$Colpal))
}, height = 350)
```

出力例


少しでも、あなたの解析が楽になりますように!!

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