Rで解析:「Nested Data」の操作が大変簡単です!!「nplyr」パッケージ

Rの解析に役に立つ記事

「Nested Data」の操作を「unnest」せずに簡単にできるパッケージの紹介です。かなり便利なパッケージだと思います。「tidyverse」や「tidyr」パッケージを利用している方はぜひお試しください。

パッケージバージョンは0.1.0。実行コマンドはwindows 11のR version 4.2.1で確認しています。

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パッケージのインストール

下記、コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("nplyr")

実行コマンド

詳細はコメント、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("nplyr")

###データ例の作成#####
#tidyverseパッケージがなければインストール
if(!require("tidyverse", quietly = TRUE)){
  install.packages("tidyverse");require("tidyverse")
}
set.seed(1234)
n <- 30
TestData <- tibble(Group = sample(paste0("Group_",
                                         formatC(1:4, width = 2, flag = "0")),
                                  n, replace = TRUE),
                   Chr_Data = sample(c("か", "ら", "だ", "に",
                                       "い", "い", "も", "の"),
                                     n, replace = TRUE),
                   X_num_Data = sample(c(1:50), n, replace = TRUE),
                   Y_num_Data = sample(c(51:100), n, replace = TRUE)) %>%
  group_by(Group) %>%
  nest(NestData = -Group) %>%
  ungroup() %>%
  arrange(Group)
########

#並び替え:nest_arrangeコマンド
#降順:dplyr::descコマンドと組み合わせる
TestData %>%
  nest_arrange(NestData, Chr_Data, desc(X_num_Data)) %>%
  #tidyr::unnestコマンドで展開し内容を確認:通常いらない
  tidyr::unnest(NestData) %>% head()
# A tibble: 6 x 4
#  Group    Chr_Data X_num_Data Y_num_Data
#  <chr>    <chr>         <int>      <int>
#1 Group_01 い               32         87
#2 Group_01 い               26         52
#3 Group_01 い               17         98
#4 Group_01 ら               26         58
#5 Group_02 だ               41         67
#6 Group_02 だ               22         56


#カウント:nest_countコマンド
TestData %>%
  nest_count(NestData, Chr_Data) %>%
  #tidyr::unnestコマンドで展開し内容を確認:通常いらない
  tidyr::unnest(NestData) %>% head()
# A tibble: 6 x 3
#  Group    Chr_Data     n
#  <chr>    <chr>    <int>
#1 Group_01 い           3
#2 Group_01 ら           1
#3 Group_02 だ           2
#4 Group_02 に           3
#5 Group_02 の           1
#6 Group_02 も           4


#mutateを適応:nest_mutateコマンド
TestData %>%
  nest_mutate(NestData,
              X_num_Data = X_num_Data / 10,
              Y_num_Data = Y_num_Data * 0.1) %>%
  #tidyr::unnestコマンドで展開し内容を確認:通常いらない
  tidyr::unnest(NestData) %>% head()
# A tibble: 6 x 4
#  Group    Chr_Data X_num_Data Y_num_Data
#  <chr>    <chr>         <dbl>      <dbl>
#1 Group_01 い              3.2        8.7
#2 Group_01 ら              2.6        5.8
#3 Group_01 い              1.7        9.8
#4 Group_01 い              2.6        5.2
#5 Group_02 も              4.9        8.2
#6 Group_02 も              2.9        5.6


#列の移動:nest_relocateコマンド
TestData %>%
  nest_relocate(NestData, X_num_Data, .after = Y_num_Data) %>%
  #tidyr::unnestコマンドで展開し内容を確認:通常いらない
  tidyr::unnest(NestData) %>% head()
# A tibble: 6 x 4
#  Group    Chr_Data Y_num_Data X_num_Data
#  <chr>    <chr>         <int>      <int>
#1 Group_01 い               87         32
#2 Group_01 ら               58         26
#3 Group_01 い               98         17
#4 Group_01 い               52         26
#5 Group_02 も               82         49
#6 Group_02 も               56         29


#列名の変更:nest_renameコマンド
#nest_rename_withコマンドもあります
TestData %>%
  nest_rename(NestData, 'KARADA-GOOD' = X_num_Data) %>%
  #tidyr::unnestコマンドで展開し内容を確認:通常いらない
  tidyr::unnest(NestData) %>% head()
# A tibble: 6 x 4
#  Group    Chr_Data `KARADA-GOOD` Y_num_Data
#  <chr>    <chr>            <int>      <int>
#1 Group_01 い                  32         87
#2 Group_01 ら                  26         58
#3 Group_01 い                  17         98
#4 Group_01 い                  26         52
#5 Group_02 も                  49         82
#6 Group_02 も                  29         56


#列の選択:nest_selectコマンド
TestData %>%
  nest_select(NestData, X_num_Data) %>%
  #tidyr::unnestコマンドで展開し内容を確認:通常いらない
  tidyr::unnest(NestData) %>% head()
# A tibble: 6 x 2
#  Group    X_num_Data
#  <chr>         <int>
#1 Group_01         32
#2 Group_01         26
#3 Group_01         17
#4 Group_01         26
#5 Group_02         49
#6 Group_02         29


#summariseを適応:nest_summariseコマンド
TestData %>%
  nest_summarise(NestData, 
                 n = n(),
                 Median_X_num_Data = median(X_num_Data),
                 Mean_Y_num_Data = median(Y_num_Data)) %>%
  #tidyr::unnestコマンドで展開し内容を確認:通常いらない
  tidyr::unnest(NestData) %>% head()
# A tibble: 4 x 4
#   Group        n Median_X_num_Data Mean_Y_num_Data
#   <chr>    <int>             <dbl>           <dbl>
#1 Group_01     4                26            72.5
#2 Group_02    11                29            69  
#3 Group_03     3                 8            62  
#4 Group_04    12                24            68.5


#sliceを適応:nest_sliceコマンド
TestData %>%
  nest_slice(NestData, 2, 8, 9) %>%
  #tidyr::unnestコマンドで展開し内容を確認:通常いらない
  tidyr::unnest(NestData) %>% head()
# A tibble: 6 x 4
#  Group    Chr_Data X_num_Data Y_num_Data
#  <chr>    <chr>         <int>      <int>
#1 Group_01 ら               26         58
#2 Group_02 も               29         56
#3 Group_02 だ               22         56
#4 Group_02 に               22         71
#5 Group_03 の               22         59
#6 Group_04 に                6         57

少しでも、あなたの解析が楽になりますように!!

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