Rで解析：データの分布を確認！ビースウォームプロット「beeswarm」パッケージ

ビースウォームプロットはデータの分布を確認することができる表現方法です。似た表現方法にはboxplotなどがあります。boxplotに点をプロットしても良いですが、手軽にビースウォームを利用できる「beeswarm」パッケージを紹介します。

「beeswarm」パッケージではビースウォームプロットに中央値、７５％、２５%のラインを書き込めるbxplotコマンドもあります。なお、紹介するパッケージのバージョンは0.2.0です。

パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

install.packages("beeswarm")

コマンドのオプション

beeswarmコマンドのオプション

オプション	内容
fomula	Y軸データ配列~グループ配列で指定
data	fomula使用時にdataを指定するのに使用
na.action	欠損値の処理。初期値はNULL
x	fomulaとは同時に使用しない。配列、データフレーム、リストが使用できる
method	プロット方法の設定。"swarm", "center", "hex", "square"が設定可能
vertical, horizontal	プロット方向の垂直 or 水平を指定。初期値はvertical = TRUE, horizontal = !vertical
cex	シンボルの大きさ。初期値は１
spacing	シンボル間の隙間。初期値は１
labels	データ行名以外を指定する場合に使用
corral	シンボルの重なり方法を指定。"none", "gutter", "wrap", "random", "omit"が設定可能
pch, col, bg	シンボル、色、塗りつぶしの色を指定
side	シンボルの並び方を指定。初期値は左右。-１で左方向。１で右方向
priority	methodを"swarm"に設定した時にシンボルをプロットする順序。"ascending", "descending", "density", "random", "none"が設定可能

bxplotコマンドのオプション

オプション	内容
fomula	Y軸データ配列~グループ配列で指定
data	fomula使用時にdataを指定するのに使用
na.action	欠損値の処理。初期値はNULL
x	fomulaとは同時に使用しない。配列、データフレーム、リストが使用できる
vertical, horizontal	プロット方向の垂直 or 水平を指定。初期値はvertical = TRUE, horizontal = !vertical
add	プロットの重ね書きを指定。初期値はFALSE
col, lty, lwd	線の色、種類、太さを指定
width	線の長さを指定、初期値は0.75

実行コマンドの紹介

詳細はコマンド内の詳細を確認ください。

library("beeswarm")

#データ例を作成
TestData <- data.frame(Group = rep(paste("テスト", 1:5, sep = ""), 20),
                          FrequenceOne = runif(100, min = -3, max = 3),
                          FrequenceTwo = rnorm(100))

#fomulaを使用したプロット
beeswarm(TestData[, 2] ~ Group, TestData, col = rainbow(6), pch = 17,
         method = "center", corral = "wrap")

#fomulaを使用しないプロット
beeswarm(TestData[, 2:3], bg = "#00000050",
         method = "swarm", corral = "omit",
         priority = "descending", side = 0,
         col = c("red", "blue"), pch = 25)

#fomulaを使用しないプロットに中央値、75%、25%のラインを追加
beeswarm(TestData[, 2:3], bg = "#00000050",
         method = "swarm", corral = "omit",
         priority = "descending", side = 0,
         col = c("red", "blue"), pch = 25)
bxplot(TestData[, 2:3], col = "brown", lty = 2, 
       lwd = 3, width = 0.5, add = TRUE)