「shyny」パッケージを利用して、階層クラスタリングをインタラクティブに探索できるパッケージの紹介です。デンドログラム付きのヒートマップ、相関ヒートマップ、MDSやPCAプロット、統計量を作成して探索可能です。クラスタリングの結果はcsvで保存可能です。
なお、パッケージで読み込み可能なファイル形式はrds、csv、tsc、txtです。
また、当然ですがクラスタリングの対象データは数字でNULLやNAなど欠損値がないデータである必要があります。
本パッケージの利用は「run_app」コマンドを実行するだけです。本格的な探索の前にデータ傾向を把握するのに利用してはいかがでしょうか。
パッケージのバージョンは1.1.0。windows 11のR version 4.3.3で確認しています。
パッケージのインストール
下記コマンドを実行してください。BiocManagerから「ComplexHeatmap」パッケージのインストールが必要です。「ComplexHeatmap」パッケージはヒートマップを作製するのにかなり便利なパッケージです。
# 利用に必須な「ComplexHeatmap」パッケージをインストール
# Rで解析：理想のヒートマップ作成に役に立ちます「ComplexHeatmap」パッケージ
# https://www.karada-good.net/analyticsr/r-437/
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ComplexHeatmap")コマンドの紹介
詳細はコマンド、パッケージのヘルプを確認してください。
# インタラクティブに階層型クラスタリング,PCAなどを実施:run_appコマンド
run_app()実行例
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少しでも、あなたの解析が楽になりますように！！
