Rで解析：SNP結果の確認に便利かも「CMplot」パッケージ

本パッケージはSNP結果を確認するのに便利なサークルプロット、マンハッタンプロット、QQplotをなどを作成できます。大変オプションが多いのでヘルプ参照を推奨します。

パッケージバージョンは4.0.0。実行コマンドはwindows 11のR version 4.1.3で確認しています。

パッケージのインストール

下記、コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("CMplot")

実行コマンド

本パッケージではプロット結果を作業ディレクトリに出力します。そのため、実行コマンドではtcltkパッケージを利用して保存フォルダを選択できるようにしています。詳細はコマンド、パッケージのヘルプを確認してください。

#&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12398;&#35501;&#12415;&#36796;&#12415;
library("CMplot")
library("tcltk")

#&#20986;&#21147;&#12398;&#20445;&#23384;&#20808;&#12434;&#25351;&#23450;
setwd(paste(as.character(tkchooseDirectory(title = "&#20445;&#23384;&#20808;&#12434;&#36984;&#25246;"), sep = "", collapse ="")))

###&#12487;&#12540;&#12479;&#20363;&#12398;&#20316;&#25104;#####
set.seed(1234)
i <- 2000
TestData <- data.frame(SNP = rep(paste("TEST", seq(i), sep = "")),
                       Chromosome = rep(c(1:22, "Sex"), length = i),
                       Position = sample(1000:20000, i, replace = TRUE),
                       trait1 = runif(i))
########

#&#12510;&#12531;&#12495;&#12483;&#12479;&#12531;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;,&#12469;&#12540;&#12463;&#12523;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;,QQplot&#12434;&#19968;&#24230;&#12395;&#20316;&#25104;:CMplot&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;
#&#12487;&#12540;&#12479;&#12434;&#25351;&#23450;:Pmap&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
#&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;&#20869;&#23481;&#12434;&#25351;&#23450;:plot.type&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;"m":&#12510;&#12531;&#12495;&#12483;&#12479;&#12531;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;,
#"c":&#12469;&#12540;&#12463;&#12523;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;,"q":QQplot,"b":&#20840;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;
#&#12469;&#12540;&#12463;&#12523;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;&#12398;&#22806;&#20870;&#12392;&#12510;&#12531;&#12495;&#12483;&#12479;&#12531;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;&#12398;&#38291;&#38548;&#12434;&#35519;&#25972;:cir.band&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;&#21021;&#26399;&#20516;1
#&#12469;&#12540;&#12463;&#12523;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;&#12398;&#12510;&#12531;&#12495;&#12483;&#12479;&#12531;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;&#12398;&#39640;&#12373;&#12434;&#35519;&#25972;:H&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;&#21021;&#26399;&#20516;1
#&#12469;&#12540;&#12463;&#12523;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;&#12398;&#21322;&#24452;&#12434;&#35519;&#25972;:r&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;&#21021;&#26399;&#20516;1
#&#12510;&#12531;&#12495;&#12483;&#12479;&#12531;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;&#12398;&#34920;&#31034;&#38936;&#22495;&#12434;&#35519;&#25972;:multracks&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;&#21021;&#26399;&#20516;TRUE
#&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;&#12398;&#33394;&#12434;&#25351;&#23450;:col&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
CMplot(Pmap = TestData,  plot.type = "b", cir.band = 1, r = 3,
       H = 2, multracks = TRUE, col = c("#d9bb9c", "#28231e", "#4b61ba", "#deb7a0", "#a87963"),
       amplify = TRUE, file.output = FALSE, pch = 21)