Rで解析:SNP結果の確認に便利かも「CMplot」パッケージ


アレイによる網羅的なmRNA発現解析は集団を対象にすることで多くの発見をもたらしました。今、一塩基多型(SNP)の解析により個人の特性に対する新たな知見が蓄積されつつあります。SNPを簡単に紹介しますと「DNAの配列の個人差を示す一つの指標で、その配列を構成する一つの塩基が別の塩基に置き換わっているもの」で、「配列の違いで体内で作られるタンパク質が少し違い、代謝活動に影響する場合があること」が知られています。SNPアレイの利用が拡大していると感じています。

紹介する「CMplot」パッケージはSNP結果を確認するのに便利なサークルプロット、マンハッタンプロット、QQplotを作成できます。

パッケージバージョンは3.1.4。実行コマンドはwindows 7およびOS X 10.11.5のR version 3.3.0で確認しています。

パッケージのインストール

下記、コマンドを実行してください。

install.packages("CMplot")

実行コマンドの紹介

本パッケージではプロット結果を作業ディレクトリに出力します。そのため、実行コマンドではtcltkパッケージを利用して保存フォルダを選択できるようにしています。詳細はコマンド、パッケージのヘルプを確認してください。

library("CMplot")
library("tcltk")

#出力画像の保存先の指定
setwd(paste(as.character(tkchooseDirectory(title = "保存先を選択"), sep = "", collapse ="")))

###データ例の作成#####
i <- 20000
TestData <- data.frame(SNP = rep(paste("TEST", seq(i), sep = "")),
                       Chromosome = rep(c(1:22, "Sex"), length = i),
                       Position = sample(1000:20000, i, replace = TRUE),
                       trait1 = runif(i))
########

#マンハッタンプロット,サークルプロット,QQplotを作成:CMplotコマンド
#データを指定:Pmapオプション
#プロット内容を指定:plot.typeオプション;"m":マンハッタンプロット,
#"c":サークルプロット,"q":QQplot,"b":全プロット
#サークルプロットの外円とマンハッタンプロットの間隔を調整:cir.bandオプション;初期値1
#サークルプロットのマンハッタンプロットの高さを調整:Hオプション;初期値1
#サークルプロットの半径を調整:rオプション;初期値1
#マンハッタンプロットの表示領域を調整:multracksオプション;初期値TRUE
#プロットの色を指定:colオプション
CMplot(TestData,  plot.type = "b", cir.band = 1, r = 3,
       H = 2, multracks = TRUE, col = c("#d9bb9c", "#28231e", "#4b61ba", "#deb7a0", "#a87963"),
       amplify = TRUE, file.output = FALSE, pch = 21)

出力例

・サークルプロット
Circular-Manhattan.trait1

・マンハッタンプロット
Rectangular-Manhattan.trait1

・QQplot
QQplot.trait1


少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように!!

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