Rで解析：スプレッドシートのメタデータからdefine.xmlとチェックレポートを自動生成する「defineR」パッケージの紹介

医療や製薬の分野では、大量のデータを正しく整理し、適切な形式でドキュメント化する必要がありますが、このプロセスは非常に手間がかかります。本パッケージでは、スプレッドシートのメタデータをもとに「define.xml」ドキュメントを作成することができます。さらに、メタデータの作成やHTML形式のデータエクスプローラーの生成も可能です。

defineRの特徴は、write_metadata()とwrite_define()という2つの関数だけで、メタデータの準備からdefine.xml、チェックレポート、HTMLデータエクスプローラーの生成までを一通り行える点です。

パッケージバージョンは0.0.6。Windows 11 x64 (build 26200)のR version 4.6.1で確認しています。

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パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

# パッケージのインストール
install.packages("defineR")
# パッケージの読み込み
library("defineR")

コマンド例

詳細はコメント、パッケージのヘルプを確認してください。

write_metadata() の使用例

write_metadata()は、SDTMまたはADAM形式のメタデータスプレッドシートを新規作成する関数です。デモデータ入りのサンプル、または未入力のテンプレートを生成できます。

# 一時ディレクトリを取得
tmp <- tempdir()

# デモ用スプレッドシートを作成
out1 <- write_metadata(tmp, demo = TRUE)

# ファイルを表示
# file.show(out1)

# 空のスプレッドシートを作成
out2 <- write_metadata(tmp, demo = FALSE)

# ファイルを表示
# file.show(out2)

file.show(out1)を実行すると、次のようなデモ用スプレッドシートが表示されます。

write_define() の使用例

write_define()は、write_metadata()で準備したメタデータファイルをもとに、define.xmlドキュメントとHTML形式のデータエクスプローラー、チェックレポートを作成するコマンドです。

# 一時ディレクトリを取得
tmp <- tempdir()

# デモ用メタデータを作成
pth <- write_metadata(tmp, demo = TRUE)

# 定義ファイルを生成
res <- write_define(pth, tmp, view = FALSE)

# チェック結果を確認
res
# NULL

# XMLファイルを表示
# file.show(file.path(tmp, "define.sdtm.xml"))

# チェックレポートを表示
# file.show(file.path(tmp, "check.sdtm.pdf"))

# HTMLファイルを表示
# file.show(file.path(tmp, "define.sdtm.html"))

file.show(file.path(tmp, “define.sdtm.html”))を実行すると、次のようなHTML形式のデータエクスプローラーが表示されます。

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