Rで解析：マイクロプレートの結果を簡単にプロット！！「ggplate」パッケージ

研究で使用するマイクロプレートの結果を簡単にプロット可能なパッケージの紹介です。「6,12,24,48,96,384」ウェルのプレートの表示に対応可能です。

パッケージバージョンは0.0.1。実行コマンドはR version 4.2.2で確認しています。

パッケージのインストール

下記、コマンドを実行してください。

#&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12398;&#12452;&#12531;&#12473;&#12488;&#12540;&#12523;
install.packages("ggplate")

実行コマンド

詳細はコメント、パッケージのヘルプを確認してください。

#&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12398;&#35501;&#12415;&#36796;&#12415;
library("ggplate")

###&#12487;&#12540;&#12479;&#20363;&#12398;&#20316;&#25104;#####
#tidyverse&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12364;&#12394;&#12369;&#12428;&#12400;&#12452;&#12531;&#12473;&#12488;&#12540;&#12523;
if(!require("tidyverse", quietly = TRUE)){
  install.packages("tidyverse");require("tidyverse")
}
set.seed(1234)
#&#12487;&#12540;&#12479;&#12398;&#21015;&#21517;&#12434;"Value"&#12392;"well"&#12395;&#12377;&#12427;&#12392;&#29702;&#35299;&#12375;&#12420;&#12377;&#12356;&#12392;&#24605;&#12356;&#12414;&#12377;
#3*4&#12398;12&#12454;&#12455;&#12523;&#12503;&#12524;&#12540;&#12398;&#20363;
TestData <- tibble(Value = sample(c(1:3, NA), 12, replace = TRUE),
                   well = paste0(rep(c("A", "B", "C"), each = 4), 1:4))
########

#&#25351;&#23450;&#25968;&#12398;&#12454;&#12455;&#12523;&#12503;&#12524;&#12540;&#12488;&#12391;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;:plate_plot
#&#12487;&#12540;&#12479;&#12434;&#25351;&#23450;:data&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
#&#12454;&#12455;&#12523;&#20301;&#32622;&#12487;&#12540;&#12479;:position&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
#&#21508;&#12454;&#12455;&#12523;&#12398;&#20516;:value&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
#&#12471;&#12531;&#12508;&#12523;:plate_type&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;"round","square"
#&#12503;&#12524;&#12540;&#12488;&#12469;&#12452;&#12474;:plate_size&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;6,12,24,48,96,384
#&#33394;&#12398;&#25351;&#23450;:colour&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
#&#12479;&#12452;&#12488;&#12523;&#12521;&#12505;&#12523;:tittle&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
#&#12479;&#12452;&#12488;&#12523;&#12469;&#12452;&#12474;:title_size&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
#&#20961;&#20363;&#12398;&#34920;&#31034;:show_legend&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;TRUE/FALSE
plate_plot(data = TestData, position = well,
           value = Value, plate_type = "round",
           plate_size = 12,
           colour = c("#1b7a4f", "#8f887a", "#a6162b"),
           title = "&#12363;&#12425;&#12384;&#12395;&#12356;&#12356;&#12418;&#12398; TEST",
           title_size = 12, show_legend = TRUE)

出力例

欠損値（NA）は色がありません

少しでも、あなたの解析が楽になりますように！！