Rでお遊び：変わったプロットfishPlotの「fishiplot」パッケージ

かなり変わったfishplot作成のパッケージです。使い方、親子関係を指定するベクトルParentsの謎を解き明かしながら使用してください。

パッケージバージョンは0.1。実行コマンドはwindows 7およびOS X 10.11.2のR version 3.2.4で確認しています。

パッケージのインストール

下記、コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages(c("Hmisc","plotrix","png"))
install.packages("devtools")
devtools::install_github("chrisamiller/fishplot")

実行コマンド

詳細はコメント、パッケージのヘルプを確認してください。

#&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12398;&#35501;&#12415;&#36796;&#12415;
library("fishplot")
#&#26178;&#31995;&#21015;&#12487;&#12540;&#12479;&#12398;&#20316;&#25104;
TimePoints <- c(0,30,75,150)
#&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;&#12487;&#12540;&#12479;&#12398;&#20316;&#25104;
PlotData <- matrix(c(100, 45, 00, 00,
                        02, 00, 00, 00,
                        02, 00, 02, 01,
                        98, 00, 95, 40),
                      ncol = length(TimePoints))
#&#35242;&#23376;&#38306;&#20418;&#12434;&#25351;&#23450;&#12377;&#12427;&#12505;&#12463;&#12488;&#12523;
Parents <- c(0,1,1,3)
########

#FishPlot&#12487;&#12540;&#12479;&#12398;&#20316;&#25104;:createFishObject&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;
FishPlotData <- createFishObject(PlotData,
                                    Parents,
                                    TimePoints)

#FishPlot&#12487;&#12540;&#12479;&#12395;&#25551;&#20889;&#38936;&#22495;&#12434;&#20184;&#19982;:layoutClones&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;
FishPlotData <- layoutClones(FishPlotData)

#FishPlot&#12434;&#25551;&#20889;:fishPlot&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;
#&#32218;&#12398;&#24341;&#12365;&#26041;&#12434;&#25351;&#23450;:shape&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;"spline","polygon","bezier"&#12364;&#25351;&#23450;&#21487;&#33021;
#&#12487;&#12540;&#12479;&#27598;&#12398;&#26528;&#32218;&#12398;&#33394;:borderCol
fishPlot(FishPlotData, shape = "spline", title.btm = "TEST",
         borderCol = "blue", cex.title = 0.5, vlines = c(0,150),
         vlab = c("day 0","day 150"))

#&#20363;&#12360;&#12400;&#12487;&#12540;&#12479;&#27598;&#12398;&#22615;&#33394;&#12434;&#22793;&#12360;&#12427;&#22580;&#21512;
FishPlotData@col <- c("blue", "green", "yellow", "black")

出力例

・fishPlotコマンド

少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように！！