Rで解析:データの特徴を一気に確認。「GGally」パッケージ


投稿日: Rの解析に役に立つ記事

「ggplot2」パッケージを利用して多変数の特徴をプロットすることができるパッケージの紹介です。データの解釈に非常に便利なパッケージかと思います。また、複数のggplotオブジェクトのプロットが可能な「ggmatrix」コマンドも収録されています。

パッケージバージョンは1.0.1。実行コマンドはwindows 7およびOS X 10.11.2のR version 3.2.3で確認しています。


パッケージのインストール

下記、コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("GGally")

実行コマンド

詳細はコメント、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("GGally")

###データ例の作成#####
n <- 30 TestData <- data.frame(Group = sample(paste0("Group", 1:5), n, replace = TRUE), Data1 = rnorm(n), Data2 = rnorm(n) + rnorm(n) + rnorm(n), Data3 = sample(0:1, n, replace = TRUE), Data4 = sample(LETTERS[1:26], n, replace = TRUE)) ####### #データの特徴を一気にプロット:ggpairsコマンド #表示列を指定:columnsオプション;初期値:1:ncol(data) #色分けデータの指定:mappingオプション #上部,下部のプロット内容を指定:upper,lowerオプション:blankで非表示 ##指定内容は以下の通り,list(変数型 = 表示内容)で指定 ##変数型;表示内容 ##continuous;"points","smooth","density","cor","blank" ##combo;"box","dot","facethist","facetdensity","denstrip","blank" ##discrete;"facetbar","ratio","blank" ##na;"na","blank" #対角線のプロット内容を指定:diagオプション:NULLで非表示 ##continuous;"densityDiag","barDiag","blankDiag" ##discrete;"barDiag","blankDiag" ##na;"naDiag","blankDiag" ggpairs(data = TestData, columns = c(1, 5, 2, 3), mapping = aes(color = Group), upper = list(continuous = "smooth"), lower = list(combo = "facetdensity"), diag = list(continuous = "barDiag")) #複数のグラフをプロット:ggmatrixコマンド #行数の指定:nrowオプション #列数の指定:ncolオプション #x軸方向ラベルを指定:xAxisLabelsオプション #y軸方向ラベルを指定:yAxisLabelsオプション #タイトルを指定:titleオプション #描写グラフはlist classに格納します PlotList <- list() list(for (i in 1:3) { #箱ひげ図 PlotList[[i]] <- qplot(data = TestData, x = Group, y = Data1, fill = Group, geom = "boxplot") #散布図 PlotList[[i + 3]] <- qplot(data = TestData, x = Data2, y = Data1, color = Group, geom = "point") + ggtitle("TEST")}) #プロット ggmatrix(PlotList, nrow = 2, ncol = 3, xAxisLabels = 1:3, yAxisLabels = 1:2, title = "TEST") [/code]


出力結果

・ggpairsコマンド
ggpairs

・ggmatrixコマンド
ggmatrix


少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように!!

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