Rで解析：データ可視化の色イロ表現！「squash」パッケージ

公開日 2015-08-03

Rの解析に役に立つ記事

データ可視化のための色設定や風変わりなヒートマップが作成できる「squash」パッケージです。2次元のプロットシンボルに出現頻度や平均などから色情報を作成・付与することで、擬似的な3次元のプロットが可能です。

本パッケージでデータを表現すると新たな発見があるかもしれません。

パッケージのバージョンは1.0.9。実行コマンドはR version 4.2.2で確認しています。

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パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("squash")

実行コマンド

詳細はコメント、パッケージヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("squash")

#####準備#####################
#データ例の作成
TestData <- data.frame(Group = sample(paste0("グループ", 1:10), 100, replace = TRUE),
                       Data1 = sample(0:5, 100, replace = TRUE),
                       Data2 = sample(5:10, 100, replace = TRUE))
##############################

#数値データからカラーマップ情報を作成:makecampコマンド
#colFnオプション:rainbow2,jet,heat,coolheat,blueorange,
#bluered,darkbluered,greyscaleの設定が可能
MapData <- makecmap(TestData[, 2], colFn = coolheat)

#カラーマップデータからカラーパレットを作成:cmapコマンド
ColorMap <- cmap(TestData[, 2], map = MapData)
#データのプロット
plot(TestData[, 2], TestData[, 3], col = ColorMap, pch = 16, main = "てすと")
#カラーキーの描写
hkey(MapData, "テスト")

#Bin Plot:squashgramコマンド
#x,yの散布図にシンボルの頻度などの情報をzで指定
#shrinkオプション:カットオフ値を指定
squashgram(x = TestData[, 2], y = TestData[, 3], z = TestData[, 1], FUN = mean,
           shrink = 10, main = "squashgram テスト", zlab = "Groupの頻度")

#散布図の作成:hist2コマンド
hist2(rnorm(100000), rnorm(100000), main = "TEST",
      xlab = "TEST1", ylab = "TEST2", zlab = "Counts")

#マトリックスからカラーマップの作成:cimageコマンド
#データの作成
red <- green <- 0:255
rg <- outer(red, green, rgb, blue = 1, maxColorValue = 255)
#プロット
cimage(red, green, zcol = rg)

#距離データからカラーマップの作成:distogramコマンド
#distコマンドで距離を計算
DiData <- dist(head(TestData[, 2:3], 15), method = "euclidean")
#プロット
distogram(DiData, title = "Distance (km)", n = 15)