Rで解析:PubMedでの情報収集が簡単です「easyPubMed」パッケージ

Rの解析に役に立つ記事

NCBIデータベースをRから操作するパッケージはいくつか存在しますが、本パッケージはPubMedデータベースから情報を収集するのに特化したパッケージです。

操作が非常に簡単なので、すぐに使いこなすことができると思います。取得データはxmlファイルなので「XML」パッケージを利用し抽出・加工が可能です。

実行コマンドでは検索クエリに”r statistical software”を指定し、取得したデータをGoogleスプレッドシートへアップロードする例を紹介します。

・「googlesheets」パッケージの紹介
  https://www.karada-good.net/analyticsr/r-136/

パッケージバージョンは1.3。実行コマンドはR version 3.2.2で確認しています。


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パッケージのインストール

下記、コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("easyPubMed")

実行コマンド

詳細はコメント、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("easyPubMed")

#検索クエリを指定
#pubmedの検索タグが使用可能です
#参考:https://ja.wikipedia.org/wiki/MEDLINE
SetQuery

アップロード例

easyPubMed


少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように!!

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