NCBIデータベースをRから操作するパッケージはいくつか存在しますが、本パッケージはPubMedデータベースから情報を収集するのに特化したパッケージです。
操作が非常に簡単なので、すぐに使いこなすことができると思います。取得データはxmlファイルなので「XML」パッケージを利用し抽出・加工が可能です。
実行コマンドでは検索クエリに”r statistical software”を指定し、取得したデータをGoogleスプレッドシートへアップロードする例を紹介します。
・「googlesheets」パッケージの紹介
https://www.karada-good.net/analyticsr/r-136/
パッケージバージョンは1.3。実行コマンドはR version 3.2.2で確認しています。
パッケージのインストール
下記、コマンドを実行してください。
#パッケージのインストール
install.packages("easyPubMed")
実行コマンド
詳細はコメント、パッケージのヘルプを確認してください。
#パッケージの読み込み
library("easyPubMed")
#検索クエリを指定
#pubmedの検索タグが使用可能です
#参考:https://ja.wikipedia.org/wiki/MEDLINE
SetQuery
アップロード例
少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように！！
