Rで解析：お手軽！データをネットワークで表示「qgraph」パッケージの紹介

Rにはネットワーク図を作成するパッケージがいくつかあります。その中で、使い勝手が良い「qgraph」を紹介します。直感的に使用できるパッケージです。ぜひ、ヘルプを確認し使用してみてください。データからネットワーク図を作成する事で意外な発見があると思います。

パッケージバージョンは1.9.3。windows11のR version 4.2.2で確認しています。

パッケージのインストール

下記のコマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("qgraph")

実行コマンド

例を4つ紹介します。詳細はコメント並びにパッケージのヘルプを確認してください。

[code language="R"]
#&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12398;&#35501;&#12415;&#36796;&#12415;
library("qgraph")

###&#20363;1#####

#&#12487;&#12540;&#12479;&#12398;&#35501;&#12415;&#36796;&#12415;
data(big5)
data(big5groups)

#big5&#12398;&#12487;&#12540;&#12479;&#12398;&#30456;&#38306;&#12434;&#27714;&#12417;&#12289;big5groups&#12487;&#12540;&#12479;&#12391;&#12464;&#12523;&#12540;&#12503;&#20998;&#39006;
#&#12394;&#12362;&#12289;&#12464;&#12523;&#12540;&#12503;&#20998;&#39006;&#12487;&#12540;&#12479;&#12399;&#12289;&#34892;&#12391;&#25351;&#23450;&#12375;&#12383;&#12522;&#12473;&#12488;&#24418;&#24335;
Q <- qgraph(cor(big5), minimum = 0.25, cut = 0.4, vsize = 1.5,
               groups = big5groups, legend = TRUE, borders = TRUE)

#&#24517;&#35201;&#12364;&#12354;&#12428;&#12400;&#12479;&#12452;&#12488;&#12523;&#12434;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;
#title("Big 5 &#30456;&#38306;", line = 2.5)

###&#20363;2-1#####
#&#22793;&#25968;&#12395;&#26684;&#32013;&#12377;&#12427;&#20107;&#12391;&#20108;&#27425;&#21033;&#29992;&#12364;&#21487;&#33021;&#12391;&#12377;&#12290;
Q <- qgraph(Q, layout = "spring")
###&#20363;2-2#####
#PCA&#12398;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;&#12391;&#33391;&#12367;&#12354;&#12427;&#34920;&#29694;&#12289;&#12464;&#12523;&#12540;&#12503;&#12398;&#31684;&#22258;&#12434;&#34920;&#31034;
qgraph(Q, overlay = TRUE)

###&#20363;3#####
#&#12371;&#12435;&#12394;&#12464;&#12521;&#12501;&#12418;&#25551;&#20889;&#12391;&#12365;&#12414;&#12377;&#12290;
#&#26041;&#21521;&#12399;&#34892;&#12363;&#12425;&#21015;&#12395;&#12487;&#12540;&#12479;&#12434;&#20837;&#21147;&#12391;&#12377;&#12290;&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;&#23455;&#34892;&#24460;adj&#12434;&#30906;&#35469;&#12375;&#12390;&#12367;&#12384;&#12373;&#12356;&#12290;
set.seed(1)
adj <- matrix(sample(0:1, 10^2, TRUE, prob = c(0.8, 0.2)), nrow = 10, ncol = 10)
Q <- qgraph(adj)

###&#20363;4#####
#&#12469;&#12502;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;&#12434;&#12522;&#12473;&#12488;&#12395;&#26684;&#32013;
qgraph(matrix(1, 3, 3), subplots = list(expression(curve(dgamma(x, 2, 2), 0,
                                                         4, main = "")), expression(hist(rnorm(100), main = "")), NULL), vsize = 20)

出力例

例1

例2-1

例2-2

例3

例4

少しでも、あなたの解析が楽になりますように！！