Rで解析:ベン図をヒートマップで表現「bioplots」パッケージ


円の重なりで共通の要素を表現するベン図をヒートマップで表現するパッケージの紹介です。何に使用するのか、一瞬迷いますが非常に便利な表現方法かと思います。

パッケージバージョンは0.0.1。実行コマンドはwindows 7およびOS X 10.11.2のR version 3.2.4で確認しています。

パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("bioplots")

実行コマンドの紹介

詳細はコマンド、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("bioplots")

###データ例の作成#####
TestData <- matrix(rnbinom(90, size = 10, prob = 0.2), nrow = 10, ncol = 9)
colnames(TestData) <- paste0("Group", 1:9)
rownames(TestData) <- c("a", "b", "c", "d", "ab", "ac", "ad", "bc", "bd", "cd")

#内容確認
TestData
   Group1 Group2 Group3 Group4 Group5 Group6 Group7 Group8 Group9
a      36     54     60     17     57     21     36     27     24
b      38     18     27     63     53     20     42     12     42
c      40     36     73     31     25     36     15     56     21
d      44     20     50     30     38     37     55     14     26
ab     30     37     17     25     59     22     11     72     16
ac     45     39     35     44     51     81     44     34     26
ad     29     54     34     35     65     59     22     30     32
bc     36     54     28     49     46     46     50     60     31
bd     42     29     59     42     48     40     59     35     41
cd     42     24     42     44     45     36     31     38     31
########

#ヒートマップの作成:heatmap.overlapsコマンド
#凡例タイトル:legendオプション
#X軸ラベル:xlabオプション
#Y軸ラベル:ylabオプション
heatmap.overlaps(TestData, legend = "Test", xlab = "X Test", ylab = "Y Test",
                 x.axis.angle = 90)

出力例

・heatmap.overlapsコマンド
heatmap.overlaps


少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように!!

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