Rで解析:ベン図をヒートマップで表現「bioplots」パッケージ


円の重なりで共通の要素を表現するベン図をヒートマップで表現するパッケージの紹介です。何に使用するのか、一瞬迷いますが非常に便利な表現方法かと思います。

パッケージバージョンは0.0.1。実行コマンドはwindows 7およびOS X 10.11.2のR version 3.2.4で確認しています。

パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("bioplots")

実行コマンドの紹介

詳細はコマンド、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("bioplots")

###データ例の作成#####
TestData <- matrix(rnbinom(90, size = 10, prob = 0.2), nrow = 10, ncol = 9) colnames(TestData) <- paste0("Group", 1:9) rownames(TestData) <- c("a", "b", "c", "d", "ab", "ac", "ad", "bc", "bd", "cd") #内容確認 TestData Group1 Group2 Group3 Group4 Group5 Group6 Group7 Group8 Group9 a 36 54 60 17 57 21 36 27 24 b 38 18 27 63 53 20 42 12 42 c 40 36 73 31 25 36 15 56 21 d 44 20 50 30 38 37 55 14 26 ab 30 37 17 25 59 22 11 72 16 ac 45 39 35 44 51 81 44 34 26 ad 29 54 34 35 65 59 22 30 32 bc 36 54 28 49 46 46 50 60 31 bd 42 29 59 42 48 40 59 35 41 cd 42 24 42 44 45 36 31 38 31 ######## #ヒートマップの作成:heatmap.overlapsコマンド #凡例タイトル:legendオプション #X軸ラベル:xlabオプション #Y軸ラベル:ylabオプション heatmap.overlaps(TestData, legend = "Test", xlab = "X Test", ylab = "Y Test", x.axis.angle = 90) [/code]


出力例

・heatmap.overlapsコマンド
heatmap.overlaps


少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように!!

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