Rで解析:CRANだけでなくbioconductorのパッケージ管理に便利です「rvcheck」パッケージ


CRANだけでなくbioconductorから導入したパッケージの管理に便利なパッケージの紹介です。なお、Rのバージョン3.3.0以上の環境が必要です。Rのバージョンをあげるチャンスです。

パッケージバージョンは0.0.2。実行コマンドはwindows 7およびOS X 10.11.2のR version 3.3.0で確認しています。

パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("rvcheck")

実行コマンドの紹介

詳細はコマンド、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("rvcheck")

#bioconductorに登録されているパッケージを確認:check_biocコマンド
#パッケージ名を指定:pkgオプション
check_bioc("ggtree")
## ggtree is not installed...
## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ggtree")
$installed_version
[1] NA

$latest_version
[1] "1.4.7"

$up_to_date
[1] NA

#CRANに登録されているパッケージを確認:check_cranコマンド
#パッケージ名を指定:pkgオプション
#試しにtwitteRをインストールして確認
#‘bit’, ‘jsonlite’, ‘mime’, ‘curl’, ‘openssl’, ‘R6’, ‘bit64’, ‘rjson’, ‘DBI’, ‘httr’
#が同時にインストールされます
install.packages("twitteR")
#確認
check_cran("twitteR")
package is up-to-date release version
$installed_version
[1] ‘1.1.9’

$latest_version
[1] "1.1.9"

$up_to_date
[1] TRUE

#Rのバージョンを確認:check_rコマンド
check_r()
$installed_version
[1] "R-3.3.0"

$latest_version
[1] "R-3.3.0"

$latest_url
[1] "https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.3.0.tar.gz"

$up_to_date
[1] TRUE

#インストールしている全てのパッケージをアップデート:update_allコマンド
update_all()

少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように!!

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