Rで解析：ggplot2を簡単に！「ggpubr」パッケージ

ggplot2はデータを表現するのに有用なパッケージですが、表現するまでの手続きが面倒になる時があります。でも本パッケージを利用するとそんな面倒を解決できるかもしれません。

収録されているコマンドから利用頻度が高そうなコマンドを紹介します。他のコマンドはパッケージヘルプを確認してください。また、重複するコマンドのオプションは紹介順に省略しています。

パッケージバージョンは0.4.0。実行コマンドはwindows 11のR version 4.1.2で確認しています。

パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("ggpubr")

実行コマンドの紹介

詳細はコマンド、パッケージのヘルプを確認してください。

#&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12398;&#35501;&#12415;&#36796;&#12415;:library&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;
library("ggpubr")

###&#12487;&#12540;&#12479;&#20363;&#12398;&#20316;&#25104;#####
n <- 100
TestData <- data.frame("Group" = factor(rep(c("Group1", "Group2", "Group3", "Group4"), each = 25)),
                          "Data" = c(rnorm(25, 10), rnorm(25, 15), rnorm(25, 20), rnorm(25, 25)))
########

#&#23494;&#24230;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;&#12434;&#20316;&#25104;:ggdensity&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;
#&#12487;&#12540;&#12479;&#12434;&#25351;&#23450;:data&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
#x&#36600;&#12487;&#12540;&#12479;&#12434;&#25351;&#23450;:x&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;
#y&#36600;&#12487;&#12540;&#12479;&#20869;&#23481;&#12434;&#25351;&#23450;:y&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;"..density..","..count.."&#12398;&#25351;&#23450;&#12364;&#21487;&#33021;
#&#32218;&#12398;&#12464;&#12523;&#12540;&#12500;&#12531;&#12464;:color&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;&#21021;&#26399;&#20516;black
#&#22615;&#12426;&#12398;&#12464;&#12523;&#12540;&#12500;&#12531;&#12464;:fill&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;&#21021;&#26399;&#20516;NA
#&#12459;&#12521;&#12540;&#12497;&#12524;&#12483;&#12488;&#12434;&#25351;&#23450;:palette&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;ggsci&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12398;"npg","aaas",
#"lancet","jco","ucscgb","uchicago","simpsons","rickandmorty"&#12398;&#20351;&#29992;&#12364;&#21487;&#33021;
#&#32218;&#31278;&#12434;&#25351;&#23450;:linetype&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;"twodash","longdash","dotdash","dotted",
#"dashed","solid","blank"&#12398;&#25351;&#23450;&#12364;&#21487;&#33021;
#&#22615;&#36879;&#26126;&#24230;&#12434;&#25351;&#23450;:alpha&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;&#21021;&#26399;&#20516;0.5
#&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;&#12395;&#24773;&#22577;&#12434;&#36861;&#21152;:add&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;"none","mean","median"&#12398;&#25351;&#23450;&#12364;&#21487;&#33021;
#add&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;&#32218;&#31278;&#12434;&#25351;&#23450;:add.params&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;list&#12391;&#36861;&#21152;
#&#12521;&#12464;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;&#12434;&#36861;&#21152;:rug&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;&#21021;&#26399;&#20516;FALSE
ggdensity(data = TestData, x = "Data", y = "..count..",
          color = "Group", fill = "Group", palette = "lancet",
          linetype = "solid", alpha = 0.3, add = "mean",
          add.params = list(linetype = "dashed"), rug = TRUE, main = "TEST")

#&#31665;&#12402;&#12370;&#22259;&#12434;&#20316;&#25104;:ggboxplot&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;
#&#12494;&#12483;&#12481;&#12434;&#25351;&#23450;:notch&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;&#21021;&#26399;&#20516;FALSE
#&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;&#12395;&#24773;&#22577;&#12434;&#36861;&#21152;:add&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;"none","dotplot","jitter",
#"mean","mean_se","mean_sd","mean_ci","mean_range",
#"median","median_iqr","median_mad","median_range"&#12398;&#25351;&#23450;&#12364;&#21487;&#33021;
ggboxplot(data = TestData, x = "Group", y = "Data",
          color = "Group", size = 0.5, width = 1,
          notch = FALSE, palette = "lancet",
          add = "jitter", add.params = list(color = "blue", size = 0.5),
          main = "TEST")

#pie&#12481;&#12515;&#12540;&#12488;&#12434;&#20316;&#25104;:ggpie&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;
#&#12487;&#12540;&#12479;&#12521;&#12505;&#12523;&#12398;&#20301;&#32622;:lab.pos&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;in,out&#12398;&#25351;&#23450;&#12364;&#21487;&#33021;
#&#12487;&#12540;&#12479;&#12521;&#12505;&#12523;&#12398;&#26360;&#24335;:lab.font&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;:c(&#12469;&#12452;&#12474;, &#12473;&#12479;&#12452;&#12523;, &#33394;)&#12391;&#25351;&#23450;,
#lab.pos&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;&#12364;out&#12398;&#26178;&#12399;&#28961;&#35222;&#12373;&#12428;&#12427;
#&#12487;&#12540;&#12479;&#20363;
PieData <- data.frame(Group = c("Data1", "Data2", "Data3"),
                         Value = c(25, 25, 50))
ggpie(data = PieData, x = "Value", label = "Value", lab.pos = "in",
      lab.font = c(15, "bold", "white"), color = "black",
      fill = "Group", palette = "lancet", size = 1, main = "TEST")

#&#12496;&#12452;&#12458;&#12522;&#12531;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;&#12434;&#20316;&#25104;:ggviolin&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;
ggviolin(data = TestData, x = "Group", y = "Data",
         fill = "Group", size = 0.5, width = 1,
         palette = "lancet", add = "boxplot",
         add.params = list(fill = "white"), main = "TEST")

出力例

・ggdensityコマンド

・ggboxplotコマンド

・ggpieコマンド

・ggviolinコマンド

少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように！！