Rで解析：ggplot2を簡単に！「ggpubr」パッケージ

#パッケージのインストール
install.packages("ggpubr")

#パッケージの読み込み:libraryコマンド
library("ggpubr")

###データ例の作成#####
n <- 100
TestData <- data.frame("Group" = factor(rep(c("Group1", "Group2", "Group3", "Group4"), each = 25)),
                          "Data" = c(rnorm(25, 10), rnorm(25, 15), rnorm(25, 20), rnorm(25, 25)))
########

#密度プロットを作成:ggdensityコマンド
#データを指定:dataオプション
#x軸データを指定:xオプション
#y軸データ内容を指定:yオプション;"..density..","..count.."の指定が可能
#線のグルーピング:colorオプション;初期値black
#塗りのグルーピング:fillオプション;初期値NA
#カラーパレットを指定:paletteオプション;ggsciパッケージの"npg","aaas",
#"lancet","jco","ucscgb","uchicago","simpsons","rickandmorty"の使用が可能
#線種を指定:linetypeオプション;"twodash","longdash","dotdash","dotted",
#"dashed","solid","blank"の指定が可能
#塗透明度を指定:alphaオプション;初期値0.5
#プロットに情報を追加:addオプション;"none","mean","median"の指定が可能
#addオプション線種を指定:add.paramsオプション;listで追加
#ラグプロットを追加:rugオプション;初期値FALSE
ggdensity(data = TestData, x = "Data", y = "..count..",
          color = "Group", fill = "Group", palette = "lancet",
          linetype = "solid", alpha = 0.3, add = "mean",
          add.params = list(linetype = "dashed"), rug = TRUE, main = "TEST")

#箱ひげ図を作成:ggboxplotコマンド
#ノッチを指定:notchオプション;初期値FALSE
#プロットに情報を追加:addオプション;"none","dotplot","jitter",
#"mean","mean_se","mean_sd","mean_ci","mean_range",
#"median","median_iqr","median_mad","median_range"の指定が可能
ggboxplot(data = TestData, x = "Group", y = "Data",
          color = "Group", size = 0.5, width = 1,
          notch = FALSE, palette = "lancet",
          add = "jitter", add.params = list(color = "blue", size = 0.5),
          main = "TEST")

#pieチャートを作成:ggpieコマンド
#データラベルの位置:lab.posオプション;in,outの指定が可能
#データラベルの書式:lab.fontオプション:c(サイズ, スタイル, 色)で指定,
#lab.posオプションがoutの時は無視される
#データ例
PieData <- data.frame(Group = c("Data1", "Data2", "Data3"),
                         Value = c(25, 25, 50))
ggpie(data = PieData, x = "Value", label = "Value", lab.pos = "in",
      lab.font = c(15, "bold", "white"), color = "black",
      fill = "Group", palette = "lancet", size = 1, main = "TEST")

#バイオリンプロットを作成:ggviolinコマンド
ggviolin(data = TestData, x = "Group", y = "Data",
         fill = "Group", size = 0.5, width = 1,
         palette = "lancet", add = "boxplot",
         add.params = list(fill = "white"), main = "TEST")