Rで解析:生存曲線の作成「survminer」パッケージ


本パッケージはggplot2を利用したパッケージです。グラフ体裁の調整が楽だと思います。

なお、新規にパッケージを利用しなくともRに初期から導入されているsurvivalパッケージのSurv,survfitコマンドとplotコマンドを利用することで生存曲線を作成できます。

パッケージバージョンは0.4.0。windows 10のR version 3.4.2で動作を確認しています。


パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("survminer")



コマンドの紹介

詳細はコマンド、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("survminer")

###データ例の作成#####
#Status:0=alive,1=dead
n <- 15
TestData <- data.frame(ID = 1:n,
                       Group = rep(c("A", "B"), length = n),
                       Day = sample(0:20, n, replace = TRUE),
                       Status = sample(0:1, n, replace = TRUE))
#survivalパッケージのSurv,survfitコマンドで計算
library("survival")
ServResult <- survfit(Surv(Day, Status) ~ Group, data = TestData)
########

#生存曲線の作成:ggsurvplotコマンド
#Surv,survfitコマンドの結果を指定:fitオプション
#Log-rank検定結果を表示:pvalオプション
ggsurvplot(fit = ServResult, data = TestData,
           palette = c("#bfe6d5", "#df6d68"),
           pval = TRUE, pval.method = TRUE,
           risk.table = TRUE, conf.int = FALSE,
           ncensor.plot = FALSE, size = 1.5, linetype = c(1, 3),
           #Kaplan-Meier PLOT部分の体裁を調整
           title = "TEST PLOT",
           subtitle = "Kaplan-Meier PLOT",
           caption = "KARADA-GOOD",
           legend.title = "Group",
           font.title = c(15, "bold", "#426617"),
           font.subtitle = c(13, "plain", "#df6d68"),
           font.caption = c(10, "italic", "#f6adad"),
           font.x = c(13, "bold.italic", "red"),
           font.y = c(13, "bold.italic", "green"),
           font.tickslab = c(15, "plain", "#7a430e"),
           legend = c(0.9, 1),
           font.legend = c(13, "plain", "#7a430e"),
           pval.size = 7,
           #"1","n","sqrtN","S1","S2","FH"が選択可能 
           log.rank.weights = "1",
           #risk.table部分の体裁を調整
           risk.table.title = "risk.table.title",
           risk.table.y.text.col = TRUE,
           risk.table.y.text = FALSE,
           fontsize = 7)




出力例


少しでも、あなたの解析が楽になりますように!!

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