Rで解析：ggplot2にGraphPad Prism風のテーマを適応「ggprism」パッケージ

「ggprism」パッケージはggplot2の図にGraphPad Prism風の44種テーマ、軸スタイルを設定できます。パッケージバージョンは1.0.6。実行コマンドはR version 4.5.0で確認しています。

パッケージのインストールと読み込み

下記、コマンドを実行してください。

# パッケージのインストール
install.packages("ggprism")

# パッケージの読み込み
library("ggprism")

主要機能と API 全体像

詳細はパッケージのヘルプを確認してください。

カテゴリ	関数	用途
テーマの適応	`theme_prism()` `preview_theme()`	テーマ 44 種の内容は記事内参照
線色・塗色・マーカー	`scale_colour_prism()` `scale_fill_prism()` `scale_shape_prism()`	`scale_colour_prism` 30 種 `scale_fill_prism` 45 種 `scale_shape_prism` 3 種＊lengths(ggprism_data)で確認
各種軸の設定	`guide_prism_minor()` `guide_prism_bracket()` `guide_prism_offset()` `annotation_ticks()`	補助目盛・括弧軸・軸のオフセット・カスタム目盛の設定
指標間の有意差を表示	`add_pvalue()`	指標間の有意差ブラケットを描画

テーマ44種の内容

下記コマンドの実行で作業フォルダに”all_null”を除く43種テーマを適応した図を保存します。

# ── 1. テーマ名リスト（44種類）────────────
palettes <- names(ggprism_data$themes)
[1] "autumn_leaves"   "beer_and_ales"   "black_and_white" "candy_bright"    "candy_soft"      "colorblind_safe"
[7] "colors"          "diazo"           "earth_tones"     "evergreen"       "greenwash"       "muted_rainbow"  
[13] "office"          "purple_passion"  "shades_of_gray"  "summer"          "the_blues"       "winter_soft"    
[19] "stained_glass"   "warm_pastels"    "flames"          "floral"          "inferno"         "magma"          
[25] "mustard_field"   "neon"            "pastels"         "pearl"           "plasma"          "prism_dark"     
[31] "prism_light"     "quiet"           "spring"          "starry"          "viridis"         "waves"          
[37] "blueprint"       "fir"             "ocean"           "sunny_garden"    "wool_muffler"    "warm_and_sunny" 
[43] "winter_bright"   "all_null" 

# "all_null"はエラーになるのでを除く
palettes <- palettes[!(palettes %in% "all_null")]

# ── 2. テーマ適用＆保存ループ ─────────────────
dir.create("ggprism_themes", showWarnings = FALSE)

for (pal in palettes) {
  p <- ggplot(mtcars, aes(wt, mpg, colour = factor(cyl))) +
    geom_point(size = 3) +
    theme_prism(palette = pal) +
    scale_colour_prism(palette = pal) +
    labs(title = pal, colour = "cyl") +
    theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))
  
  ggsave(
    filename = file.path("ggprism_themes", paste0("prism_", pal, ".png")),
    plot     = p,
    width    = 4, height = 3, dpi = 300
  )
}

# ── 3. 参考：patchwork で 7×7 一括表示 ─
# patchworkパッケージの読み込み
# patchworkパッケージがなければインストール
if(!require("patchwork", quietly = TRUE)){
  install.packages("patchwork");require("patchwork")
}
# patchworkでプロット
wrap_plots(lapply(palettes, function(pal) {
  ggplot(mtcars, aes(wt, mpg, colour = factor(cyl))) +
    geom_point(size = 2) +
    theme_prism(palette = pal) +
    scale_colour_prism(palette = pal) +
    ggtitle(pal) +
    theme(plot.title = element_text(size = 8, hjust = 0.5),
          legend.position = "none")
}), ncol = 7)

画像はクリックで大きくなります。

実行例

1. テーマ × パレットの適用

フォントを「bold」、グリッドなし、細フレームの例です。

# ── ベースの散布図 ─────────────────────────
p <- ggplot(mtcars, aes(wt, mpg, colour = factor(cyl))) +
  geom_point(size = 3)

# ── 適応 ──────────────────
p +
  theme_prism(palette = "floral") +
  scale_colour_prism(palette = "floral")

2. 有意差の表示を追記

有意差の表示を追記する「add_pvalue」コマンドは ggpubr::stat_pvalue_manual() とオプションなどが共通なようです。

# tidyverseパッケージの読み込み
# tidyverseパッケージがなければインストール
if(!require("tidyverse", quietly = TRUE)){
  install.packages("tidyverse");require("tidyverse")
}

# 「ggprism」パッケージ付属のwingsデータを利用
data("wings", package = "ggprism")

# データを作成
stat_tbl <- wings %>%
  # wing.sizeを選択
  filter(measure == "wing.size") %>%              
  summarise(p = t.test(percent.change ~ genotype)$p.value) %>%
  mutate(group1 = "Tps1MIC/+", group2 = "Tps1MIC",
         y.position = 115, label = sprintf("p = %.3g", p))

# プロット:「add_pvalue」コマンドを使用
ggplot(wings, aes(genotype, percent.change)) +
  geom_boxplot(aes(fill = genotype)) +
  add_pvalue(stat_tbl, label = "p", angle = 0) +
  scale_fill_prism(palette = "pearl") +
  theme_prism(axis_text_angle = 45)

パッケージのインストールと読み込み

主要機能と API 全体像

テーマ44種の内容

実行例

1. テーマ × パレットの適用

2. 有意差の表示を追記

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