Rで解析:グループ解析が楽々!「compareGroups」パッケージの紹介。


ウェブ解析や疫学調査の結果を解析するとき、グループ間の解析を手軽に解析できればと考えたことはありませんか。そんな方へ、グループ間の解析が手軽にできる「compareGroups」パッケージを紹介します。バージョンは3.0.1です。

この、「compareGroups」パッケージは元データで適切にデータ性質(カテゴリーや数字などの情報)を設定していれば、自動でt-test、ANOVA、Kruskall-Wallis testなどの統計手法を適応してくれます。もちろん、手法は自身でも指定できます。

また、解析結果のテーブルもLaTexやPDFで出力ができます。

今回の紹介では、パッケージに付属の「PREDIMED」という心血管イベントの予防における地中海食の影響を調べた疫学調査データを利用しています。

ウェブ解析でも「compareGroups」パッケージの利用ができると思いますので、試してみてください。

パッケージのインストール

下記、コマンドを実行してください。

install.packages("compareGroups")

PREDIMEDデータの紹介

データはRでdata(predimed)と実行すると読み込むことができます。PREDIMEDは2003〜2011年にかけて実施された非常に大きな試験となります。なお、結果は、くるみを中心としたナッツ類やエキストラバージンオイルを摂取した群で心血管イベントの発症リスクが低下した「食事内容と健康の重要性を示した」画期的な内容です。

行名内容
group低脂肪食群、地中海食 + エキストラバージンオイル群、地中海食 + ミックスナッツ群
sex性別
age年齢
smoke喫煙の有無
bmiBMI
waist腹囲
wth腹囲と身長の比
htn高血圧症の有無(Yes/No)
diab2型糖尿病の有無(Yes/No)
hyperchol脂質異常症の有無(Yes/No)
famhist家族性心疾患歴の有無(Yes/No)
hormoホルモン療法の有無(Yes/No)
p14食事スコア
toevent疾患を引き起こすまでの期間
event引き起こした疾患の種類(AMI, stroke, or CV Death)


実行コマンドの紹介

詳細はコマンド内コメントならびにパッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("compareGroups")

#参考データの読み込み
data(predimed)

#各臨床値結果の群間比較
compareGroups(group ~ . , data = predimed)

-------- Summary of results by groups of 'Intervention group'--------- 
  var                             N    p.value  method            selection
1  Sex                             6324 <0.001** categorical       ALL      
2  Age                             6324 0.003**  continuous normal ALL      
3  Smoking                         6324 0.444    categorical       ALL      
4  Body mass index                 6324 <0.001** continuous normal ALL      
5  Waist circumference             6324 0.045**  continuous normal ALL      
6  Waist-to-height ratio           6324 <0.001** continuous normal ALL      
7  Hypertension                    6324 0.249    categorical       ALL      
8  Type-2 diabetes                 6324 0.017**  categorical       ALL      
9  Dyslipidemia                    6324 0.423    categorical       ALL      
10 Family history of premature CHD 6324 0.581    categorical       ALL      
11 Hormone-replacement therapy     5661 0.850    categorical       ALL      
12 MeDiet Adherence score          6324 <0.001** continuous normal ALL      
13 follow-up to main event (years) 6324 <0.001** continuous normal ALL      
14 AMI, stroke, or CV Death        6324 0.064*   categorical       ALL      
-----
  Signif. codes:  0 '**' 0.05 '*' 0.1 ' ' 1 

###解析臨床値の除外と選択###
#除外は項目名の前に"-"を加えます
compareGroups(group ~ . -toevent -event, data = predimed)
-------- Summary of results by groups of 'Intervention group'--------- 
  var                             N    p.value  method            selection
1  Sex                             6324 <0.001** categorical       ALL      
2  Age                             6324 0.003**  continuous normal ALL      
3  Smoking                         6324 0.444    categorical       ALL      
4  Body mass index                 6324 <0.001** continuous normal ALL      
5  Waist circumference             6324 0.045**  continuous normal ALL      
6  Waist-to-height ratio           6324 <0.001** continuous normal ALL      
7  Hypertension                    6324 0.249    categorical       ALL      
8  Type-2 diabetes                 6324 0.017**  categorical       ALL      
9  Dyslipidemia                    6324 0.423    categorical       ALL      
10 Family history of premature CHD 6324 0.581    categorical       ALL      
11 Hormone-replacement therapy     5661 0.850    categorical       ALL      
12 MeDiet Adherence score          6324 <0.001** continuous normal ALL      
-----
  Signif. codes:  0 '**' 0.05 '*' 0.1 ' ' 1 

#選択は項目名の前に"+"を加えます
compareGroups(group ~ age + sex + smoke + waist + hormo, data = predimed)
-------- Summary of results by groups of 'Intervention group'---------
  var                         N    p.value  method            selection
1 Age                         6324 0.003**  continuous normal ALL      
2 Sex                         6324 <0.001** categorical       ALL      
3 Smoking                     6324 0.444    categorical       ALL      
4 Waist circumference         6324 0.045**  continuous normal ALL      
5 Hormone-replacement therapy 5661 0.850    categorical       ALL      
-----
  Signif. codes:  0 '**' 0.05 '*' 0.1 ' ' 1 

###項目の内容でサブセット解析も手軽に可能です###
#性別で抽出
#オプション subset 項目名 == 対象で指定
compareGroups(group ~ age + smoke + waist + hormo, data = predimed, subset = sex == "Female")
-------- Summary of results by groups of 'Intervention group'---------
  var                         N    p.value method            selection      
1 Age                         3645 0.056*  continuous normal sex == "Female"
2 Smoking                     3645 0.907   categorical       sex == "Female"
3 Waist circumference         3645 0.016** continuous normal sex == "Female"
4 Hormone-replacement therapy 3459 0.898   categorical       sex == "Female"
-----
  Signif. codes:  0 '**' 0.05 '*' 0.1 ' ' 1 

#複数項目で抽出
#オプション selec list(項目名 == 対象で指定, ...)で指定
compareGroups(group ~ age + sex + smoke + waist + hormo, data = predimed,
              selec = list(hormo = sex == "Female", waist = waist > 20 ))
-------- Summary of results by groups of 'Intervention group'---------
  var                         N    p.value  method            selection      
1 Age                         6324 0.003**  continuous normal ALL            
2 Sex                         6324 <0.001** categorical       ALL            
3 Smoking                     6324 0.444    categorical       ALL            
4 Waist circumference         6324 0.045**  continuous normal waist > 20     
5 Hormone-replacement therapy 3459 0.898    categorical       sex == "Female"
-----
  Signif. codes:  0 '**' 0.05 '*' 0.1 ' ' 1 

#結果のテーブルは体裁を整えることができます
#createTableコマンドを使用します
createTable(compareGroups(group ~ age + sex + smoke + waist + hormo, data = predimed,
                          selec = list(hormo = sex == "Female", waist = waist > 20 )))
--------Summary descriptives table by 'Intervention group'---------
________________________________________________________________________________ 
                          Control    MedDiet + Nuts    MedDiet + VOO p.overall 
                            N=2042        N=2100        N=2182               
¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯ 
Age                      67.3 (6.28)   66.7 (6.02)    67.0 (6.21)        0.003   
Sex:                                                                    <0.001   
Male                     812 (39.8%)   968 (46.1%)    899 (41.2%)            
Female                   1230 (60.2%)  1132 (53.9%)  1283 (58.8%)            
Smoking:                                                                 0.444   
Never                    1282 (62.8%)  1259 (60.0%)  1351 (61.9%)            
Current                  270 (13.2%)   296 (14.1%)    292 (13.4%)            
Former                   490 (24.0%)   545 (26.0%)    539 (24.7%)            
Waist circumference      101 (10.8)    100 (10.6)    100 (10.4)     0.045   
Hormone-replacement therapy:                                             0.898   
No                       1143 (97.4%)  1036 (97.2%)  1183 (97.0%)            
Yes                       31 (2.64%)    30 (2.81%)    36 (2.95%)             
¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯ 

#欠損値はmissingTableコマンドを使用します。
missingTable(compareGroups(group ~ age + sex + smoke + waist + hormo, data = predimed,
                           selec = list(hormo = sex == "Female", waist = waist > 20 )))
--------Missingness table by 'Intervention group'---------
____________________________________________________________________________ 
              Control  MedDiet + Nuts MedDiet + VOO p.overall 
               N=2042       N=2100        N=2182               
¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯ 
Age                         0 (0.00%)   0 (0.00%)      0 (0.00%)       .     
Sex                         0 (0.00%)   0 (0.00%)      0 (0.00%)       .     
Smoking                     0 (0.00%)   0 (0.00%)      0 (0.00%)       .     
Waist circumference             .           .              .           .     
Hormone-replacement therapy     .           .              .           .     
¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯ 

#結果をファイルへ出力
#latexはexport2latexコマンド、pdfはreportコマンドを使用します。
#詳しくはHELPを参照ください。

少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように!!

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