からだにいいもの Rで解析：データ構造を図で理解する「paintr」パッケージ
Rでデータを扱う際は、ベクトルや行列、データフレーム、リスト、配列といった構造の違いを理解しておくことが重要です。しかし、入れ子になったデータ構造の把握や、ブジェクトと値の関係は、コンソールの出力から理解するのは大変です。
本パッケージは、そんな課題を解決することが可能です。例えばベクトル、行列、データフレーム、リスト、配列の値を簡単に把握可能です。
パッケージバージョンは0.0.1。Windows 11 x64 (build 26200)のR version 4.6.1で確認しています。
パッケージのインストール
下記コマンドを実行してください。
# パッケージのインストール
install.packages("paintr")
# パッケージの読み込み
library("paintr")スポンサーリンク
コマンド例
詳細はコメント、パッケージのヘルプを確認してください。
紹介では、以下の地域の健康教室で記録した歩数と身体測定の値を例に、各コマンドの動作を確認します。
# 参加者5名の1日あたり平均歩数；名前付きベクトル
steps <- c(佐藤 = 8420, 鈴木 = 6180, 高橋 = 10250, 田中 = 7530, 伊藤 = 5940)
# 参加者1名の4週間の記録；週×測定項目の行列
sokutei <- matrix(
c(8420, 8890, 9130, 9560,
62.4, 62.1, 61.8, 61.5,
132, 130, 128, 127),
nrow = 4,
dimnames = list(
c("1週", "2週", "3週", "4週"),
c("歩数", "体重", "血圧")))
# 参加者名簿；列ごとに型が異なるデータフレーム
sanka <- data.frame(
氏名 = c("佐藤", "鈴木", "高橋", "田中", "伊藤"),
年代 = c(60L, 50L, 70L, 60L, 50L),
歩数 = c(8420, 6180, 10250, 7530, 5940),
達成 = c(TRUE, FALSE, TRUE, FALSE, FALSE))
# 会場ごとの参加人数に対する歩数；長さの異なるリスト
kaijo <- list(
中央 = c(8420, 6180, 10250),
東部 = c(7530, 5940),
西部 = c(9110, 8760, 7420, 6890))
# 週×会場×年の平均歩数；3次元配列
hosuu <- array(
c(8420, 8890, 9130, 9560,
7810, 8020, 8340, 8610,
9050, 9280, 9440, 9770,
8630, 9010, 9380, 9720,
8050, 8330, 8590, 8880,
9260, 9510, 9680, 9930),
dim = c(4, 3, 2),
dimnames = list(
c("1週", "2週", "3週", "4週"),
c("中央", "東部", "西部"),
c("前年", "本年")))ベクトルデータの可視化：paint_vectorコマンド
ベクトルの中身と各要素の添字を図として描画します。「ggplot2」パッケージでプロットする場合はgpaint_vectorコマンドを使用します。
| オプション | 意味 | 初期値 |
|---|---|---|
| data | vectorクラスを持つオブジェクト、因子や日付などクラス付きの原子ベクトルも指定可 | なし |
| layout | ベクトルを並べる向き | “vertical”（候補: “vertical”, “horizontal”） |
| show_indices | 添字の表示位置、ベクトルの添字は1種類のため排他選択 | “none”（候補: “none”, “inside”, “outside”） |
| highlight_area | 塗り分けるセルを示す、データと同じ長さの論理ベクトル | NULL |
| highlight_color | セルの背景を塗る色 | “lemonchiffon” |
| graph_title | 図の左上に表示するタイトル | paste0(“Data Object: “, deparse(substitute(data))) |
| graph_subtitle | タイトルの直下に表示する副題、NULLは長さとクラスを自動表示、NAまたは””は非表示 | NULL |
| sigfig | 黒色で描画する有効数字の桁数、1から15の範囲で指定 | 3L |
| subtle_digits | 灰色で描画する桁の判定方法 | “insignificant”（候補: “insignificant”, “rounded”, “none”） |
| max_chars | 文字列を省略記号で切り詰める文字数の上限 | 12L |
| max_rows | 縦並びのときに中間を省略する要素数の上限 | 20L |
| max_cols | 横並びのときに中間を省略する要素数の上限 | 15L |
| show_all | 文字が小さくなっても全てのセルを描画するかの指定 | FALSE |
| fontsize | フォントサイズ（ポイント）、NULLはデバイスに合わせて自動調整 | NULL |
| family | フォントファミリー | “mono” |
| palette | 配色、”mint”、”slate”、”warm”、”classic”または色の名前付きリストを指定 | NULL |
| show_names | ベクトルのnames()を描画するかの指定 | TRUE |
| max_name_chars | 名前を切り詰める文字数の上限、横並びのときのみ適用 | 8L |
| highlight_locations | 塗り分ける要素の位置、highlight_areaの簡易指定 | NULL |
# 名前付きベクトルを縦並びでプロット
paint_vector(steps)
# 横並びに変更し、添字をセルの外側にプロット
paint_vector(steps, layout = "horizontal", show_indices = "outside")
# 目標の8000歩に届かなかった参加者の位置を取得
under <- which(steps < 8000)
# 未達の参加者のセルのみ色を変えてプロット
paint_vector(steps, show_indices = "inside", highlight_locations = under,
highlight_color = "mistyrose")
# タイトルと副題を日本語の任意の文字列に差し替えプロット
paint_vector(steps, graph_title = "参加者別の1日平均歩数",
graph_subtitle = "健康教室：5名分")
# ggplot2でプロット
gpaint_vector(steps, layout = "horizontal", show_indices = "outside")・名前付きベクトルを縦並びでプロット
・横並びに変更し、添字をセルの外側にプロット
・未達の参加者のセルのみ色を変えてプロット
・タイトルと副題を日本語の任意の文字列に差し替えプロット
・ggplot2でプロット
行列データの可視化：paint_matrixコマンド
行列の中身を、行名・列名・添字とともにプロットします。ggplot2でプロットする場合はgpaint_matrixコマンドを使用します。
| オプション | 意味 | 初期値 |
|---|---|---|
| data | matrixクラスを持つオブジェクト | なし |
| show_indices | 描画する添字の種類、”none”、”cell”、”row”、”column”、”all”から複数指定可 | “none” |
| highlight_area | 塗り分けるセルを示す、データと同じ形の論理行列 | NULL |
| highlight_color | セルの背景を塗る色 | “lemonchiffon” |
| graph_title | 図の左上に表示するタイトル | paste0(“Data Object: “, deparse(substitute(data))) |
| graph_subtitle | タイトルの直下に表示する副題、NULLは次元とクラスを自動表示、NAまたは””は非表示 | NULL |
| sigfig | 黒色で描画する有効数字の桁数、1から15の範囲で指定 | 3L |
| subtle_digits | 灰色で描画する桁の判定方法 | “insignificant”（候補: “insignificant”, “rounded”, “none”） |
| max_chars | 文字列を省略記号で切り詰める文字数の上限 | 12L |
| max_rows | 中間を省略する行数の上限 | 20L |
| max_cols | 中間を省略する列数の上限 | 15L |
| show_all | 文字が小さくなっても全てのセルを描画するかの指定 | FALSE |
| fontsize | フォントサイズ（ポイント）、NULLはデバイスに合わせて自動調整 | NULL |
| family | フォントファミリー | “mono” |
| palette | 配色、”mint”、”slate”、”warm”、”classic”または色の名前付きリストを指定 | NULL |
| show_dimnames | 描画するdimnames()の軸、”none”、”row”、”column”、”all”から複数指定可 | “all” |
| max_name_chars | 列名を切り詰める文字数の上限、行名にはmax_charsが適用 | 8L |
| highlight_rows | 塗り分ける行、highlight_areaの簡易指定 | NULL |
| highlight_columns | 塗り分ける列、highlight_areaの簡易指定 | NULL |
| highlight_locations | 塗り分けるセルの位置、highlight_areaの簡易指定 | NULL |
# 週×測定項目の行列をそのまま描画
paint_matrix(sokutei)
# 行・列・セルの添字を全て描画
paint_matrix(sokutei, show_indices = "all")
# 行名と列名を隠し、セルの添字のみを描画
paint_matrix(sokutei, show_dimnames = "none", show_indices = "cell")
# 最終週の行と血圧の列のマスクを、論理和で1つに結合
mask <- highlight_rows(sokutei, rows = 4) | highlight_columns(sokutei, columns = "血圧")
# 結合したマスクを渡し、行と列を同時に塗り分け
paint_matrix(sokutei, highlight_area = mask)
# 有効数字を5桁に広げ、灰色による桁の区別を無効化
paint_matrix(sokutei, sigfig = 5, subtle_digits = "none")
# ggplot2で同じ図を描画
gpaint_matrix(sokutei, show_indices = "all")・週×測定項目の行列をそのままプロット
・行・列・セルの添字を全てプロット
・結合したマスクを渡し、行と列を同時に塗り分けてプロット
その他、コマンドのプロットは省略。
データフレームの可視化：paint_data_frameコマンド
| オプション | 意味 | 初期値 |
|---|---|---|
| data | data.frameクラスを持つオブジェクト | なし |
| show_indices | 描画する添字の種類、”none”、”cell”、”row”、”column”、”all”から複数指定可 | “none” |
| highlight_area | 塗り分けるセルを示す、データと同じ形の論理行列 | NULL |
| highlight_color | セルの背景を塗る色 | “lemonchiffon” |
| graph_title | 図の左上に表示するタイトル | paste0(“Data Object: “, deparse(substitute(data))) |
| graph_subtitle | タイトルの直下に表示する副題、NULLは次元とクラスを自動表示、NAまたは””は非表示 | NULL |
| sigfig | 黒色で描画する有効数字の桁数、1から15の範囲で指定 | 3L |
| subtle_digits | 灰色で描画する桁の判定方法 | “insignificant”（候補: “insignificant”, “rounded”, “none”） |
| max_chars | 文字列を省略記号で切り詰める文字数の上限 | 12L |
| max_rows | 中間を省略する行数の上限 | 10L |
| max_cols | 中間を省略する列数の上限 | 10L |
| show_all | 文字が小さくなっても全てのセルを描画するかの指定 | FALSE |
| fontsize | フォントサイズ（ポイント）、NULLはデバイスに合わせて自動調整 | NULL |
| family | フォントファミリー | “mono” |
| palette | 配色、”mint”、”slate”、”warm”、”classic”または色の名前付きリストを指定 | NULL |
| show_types | 列名の下に型タグの行を描画するかの指定 | TRUE |
| show_names | 列名の行を描画するかの指定 | TRUE |
| show_rownames | 行名を左の余白に描画するかの指定、NULLは独自の行名を持つ場合のみ描画 | NULL |
| name_align | 列名の寄せ方 | “center”（候補: “center”, “left”, “right”） |
| type_align | 型タグの寄せ方、name_alignとは独立に指定 | “center”（候補: “center”, “left”, “right”） |
| highlight_rows | 塗り分ける行、highlight_areaの簡易指定 | NULL |
| highlight_columns | 塗り分ける列、highlight_areaの簡易指定 | NULL |
| highlight_locations | 塗り分けるセルの位置、highlight_areaの簡易指定 | NULL |
# 列ごとの型タグつきでデータフレームを描画
paint_data_frame(sanka)
# 型タグの行を隠し、列名を左寄せで描画
paint_data_frame(sanka, show_types = FALSE, name_align = "left")
# 列名を指定して歩数の列を塗り分け（paint_dfは同じコマンドの別名）
paint_df(sanka, highlight_columns = "歩数")
# 会員番号を行名として設定
rownames(sanka) <- c("A-01", "A-02", "B-01", "B-02", "B-03")
# 行名が左の余白に描かれ、セル内には添字が描かれることを確認
paint_data_frame(sanka, show_indices = "cell")
# 行名を描画せず、代わりに行番号の添字を左の余白に描画
paint_data_frame(sanka, show_rownames = FALSE, show_indices = "row")
# ggplot2で同じ図を描画
gpaint_data_frame(sanka)show_rownamesの初期値はNULLで、この場合はデータフレームが独自の行名を持つときだけ行名がプロットされます。行番号がそのまま行名になっているデータフレームでは何もプロットされません。行名は列ではないため、上記の例で行名に設定した会員番号をsanka$会員番号として参照するとNULLになります。
・列ごとの型タグつきでデータフレームをプロット
・行名をプロットせず、代わりに行番号の添字を左の余白にプロット
その他、コマンドのプロットは省略。
リスト構造の可視化：paint_listコマンド
リストを、要素ごとに1列を割り当てて描画します。要素の長さがそろっていなくてもプロット可能です。ggplot2でプロットする場合はgpaint_listコマンドを使用します。
| オプション | 意味 | 初期値 |
|---|---|---|
| data | クラスを持たない素のリスト、クラス付きのリストは描画対象外 | なし |
| summarise | 各要素を型と長さを示す1つのセルに要約して描画するかの指定 | FALSE |
| show_indices | 値の下に[[j]][i]形式の添字を描画するかの指定、”none”、”cell”、”all”から選択 | “none” |
| highlight_area | 塗り分けるセルを示す、位置×要素の論理行列 | NULL |
| highlight_color | セルの背景を塗る色 | “lemonchiffon” |
| graph_title | 図の左上に表示するタイトル | paste0(“Data Object: “, deparse(substitute(data))) |
| graph_subtitle | タイトルの直下に表示する副題、NULLは要素数と長さの範囲とクラスを自動表示 | NULL |
| sigfig | 黒色で描画する有効数字の桁数、1から15の範囲で指定 | 3L |
| subtle_digits | 灰色で描画する桁の判定方法 | “insignificant”（候補: “insignificant”, “rounded”, “none”） |
| max_chars | 文字列を省略記号で切り詰める文字数の上限 | 12L |
| max_rows | 中間を省略する要素の長さの上限、要素ごとに個別に判定 | 10L |
| max_cols | 中間を省略する要素数の上限 | 8L |
| show_all | 文字が小さくなっても全てのセルを描画するかの指定 | FALSE |
| fontsize | フォントサイズ（ポイント）、NULLはデバイスに合わせて自動調整 | NULL |
| family | フォントファミリー | “mono” |
| palette | 配色、”mint”、”slate”、”warm”、”classic”または色の名前付きリストを指定 | NULL |
| show_types | 要素名の下に型タグの行を描画するかの指定 | TRUE |
| show_names | 要素名の行を描画するかの指定、名前のない要素は[[2]]の形式で表示 | TRUE |
| name_align | 要素名の寄せ方 | “center”（候補: “center”, “left”, “right”） |
| type_align | 型タグの寄せ方、name_alignとは独立に指定 | “center”（候補: “center”, “left”, “right”） |
| gap | 隣り合う要素の列の間に挿入する空白の幅、列1つ分を1として指定 | 0 |
| highlight_rows | 塗り分ける位置、highlight_areaの簡易指定 | NULL |
| highlight_columns | 塗り分ける要素、highlight_areaの簡易指定 | NULL |
| highlight_locations | 塗り分けるセルの位置、highlight_areaの簡易指定 | NULL |
# 要素の長さが異なるリストをそのままプロット
paint_list(kaijo)
# 値の下に[[j]][i]形式の添字をプロット
paint_list(kaijo, show_indices = "cell")
# 要素の列の間に空白を入れ、独立したベクトルの集まりであることを表現
paint_list(kaijo, gap = 0.5)
# 各要素を1セルに要約し、構造だけをプロット
paint_list(kaijo, summarise = TRUE)
# 要素名を指定して西部の列を塗り分け
paint_list(kaijo, highlight_columns = "西部")
# 全会場の1人目のみを塗り分け
paint_list(kaijo, highlight_rows = 1)
# ggplot2で同じ図をプロット
gpaint_list(kaijo, show_indices = "cell")・値の下に[[j]][i]形式の添字をプロット
その他、コマンドのプロットは省略。
配列データの可視化：paint_arrayコマンド
3次元以上の配列を、スライスごとのブロックに分けてプロットします。行列やテーブルも配列として扱われます。ggplot2でプロットする場合はgpaint_arrayコマンドを使用します。
| オプション | 意味 | 初期値 |
|---|---|---|
| data | array、matrixとtableも配列として描画、1次元は描画対象外 | なし |
| show_indices | 描画する添字の種類、”none”、”cell”、”row”、”column”、”all”から複数指定可 | “none” |
| highlight_area | 塗り分けるセルを示す、データと同じ形の論理配列 | NULL |
| highlight_color | セルの背景を塗る色 | “lemonchiffon” |
| graph_title | 図の左上に表示するタイトル | paste0(“Data Object: “, deparse(substitute(data))) |
| graph_subtitle | タイトルの直下に表示する副題、NULLは全体の形とクラスを自動表示、NAまたは””は非表示 | NULL |
| sigfig | 黒色で描画する有効数字の桁数、1から15の範囲で指定 | 3L |
| subtle_digits | 灰色で描画する桁の判定方法 | “insignificant”（候補: “insignificant”, “rounded”, “none”） |
| max_chars | 文字列を省略記号で切り詰める文字数の上限 | 12L |
| max_rows | 各ブロックの中間を省略する行数の上限、NULLはランクに応じた既定値を使用 | NULL |
| max_cols | 各ブロックの中間を省略する列数の上限、NULLはランクに応じた既定値を使用 | NULL |
| max_slices | 中間を省略するスライス数の上限 | 4L |
| slices_per_row | スライスのブロックを1行に並べる枚数、NULLは配列本来の配置 | NULL |
| show_all | 文字が小さくなっても全てのセルを描画するかの指定 | FALSE |
| fontsize | フォントサイズ（ポイント）、NULLはデバイスに合わせて自動調整 | NULL |
| family | フォントファミリー | “mono” |
| palette | 配色、”mint”、”slate”、”warm”、”classic”または色の名前付きリストを指定 | NULL |
| show_dimnames | 描画するdimnames()の軸、”none”、”row”、”column”、”slice”、”all”から複数指定可 | “all” |
| max_name_chars | 列名を切り詰める文字数の上限、行名にはmax_charsが適用 | 8L |
| highlight_rows | 塗り分ける行、全スライスの同じ行が対象 | NULL |
| highlight_columns | 塗り分ける列、全スライスの同じ列が対象 | NULL |
| highlight_locations | 塗り分けるセルの位置、次元数と同じ列数の座標を指定 | NULL |
# 3次元配列をスライスごとのブロックとしてプロット
paint_array(hosuu)
# ブロックを1行に1枚ずつ並べ、全てのセルをプロット
paint_array(hosuu, slices_per_row = 1, show_all = TRUE)
# 添字を、配列の次元数に合わせた[i, j, k]形式でプロット
paint_array(hosuu, show_indices = "all")
# 最終週の行を、全てのスライスで塗り分け
paint_array(hosuu, highlight_rows = 4)
# 中央会場の列を、前年と本年の両方で塗り分け
paint_array(hosuu, highlight_columns = "中央")
# スライス名をプロットせず、行名と列名だけをプロット
paint_array(hosuu, show_dimnames = c("row", "column"))
# ggplot2で同じ図をプロット
gpaint_array(hosuu)・中央会場の列を、前年と本年の両方で塗り分け
強調表示するセルの指定：highlight_dataコマンド
各描画コマンドのhighlight_areaに渡す強調表示する論理マスクを作成します。行だけを指定するhighlight_rowsコマンド、列だけを指定するhighlight_columnsコマンド、セルの位置を指定するhighlight_locationsコマンドが用意されています。
| オプション | 意味 | 初期値 |
|---|---|---|
| x | ベクトル、因子、行列、データフレームなど、いずれかの描画コマンドが扱える構造 | なし |
| rows | 行の位置、整数の添字、行名、論理マスクのいずれかで指定 | NULL |
| columns | 列の位置、整数の添字、列名、論理マスクのいずれかで指定 | NULL |
| locations | 2次元は行と列の組を並べたm行2列の行列、1次元は整数の添字で指定 | NULL |
| … | 使用しない追加の引数 | なし |
# 血圧の列を指す論理マスクを作成
highlight_columns(sokutei, columns = "血圧")
[,1] [,2] [,3]
[1,] FALSE FALSE TRUE
[2,] FALSE FALSE TRUE
[3,] FALSE FALSE TRUE
[4,] FALSE FALSE TRUE
# 最終週の行を指す論理マスクを作成
highlight_rows(sokutei, rows = 4)
[,1] [,2] [,3]
[1,] FALSE FALSE FALSE
[2,] FALSE FALSE FALSE
[3,] FALSE FALSE FALSE
[4,] TRUE TRUE TRUE
# 行と列の組を並べ、個別のセルを指す論理マスクを作成
highlight_locations(sokutei, rbind(c(1, 1), c(4, 3)))
### 出力は省略
# ベクトルでは整数の位置で要素を指定
highlight_data(steps, locations = which(steps < 8000))
### 出力は省略
# データフレームでは列名による指定も可能
highlight_data(sanka, columns = "歩数")
### 出力は省略
# 行と列を同時に指定すると、両者の和集合が対象
highlight_data(sokutei, rows = 4, columns = "血圧")
### 出力は省略返り値は元のデータと同じ形の論理オブジェクトです。1次元の構造には論理ベクトル、行列やデータフレームには論理行列、3次元以上の配列には同じ形の論理配列が返ります。返り値が論理型であるため、論理演算子で複数のマスクを組み合わせることが可能です。
必要なデバイスサイズの算出：paint_sizeコマンド
| オプション | 意味 | 初期値 |
|---|---|---|
| data | ベクトル、行列、データフレームなど、いずれかの描画コマンドが扱える構造 | なし |
| … | show_all、show_indices、layout、max_rowsなど、図の形に影響する描画コマンドの引数 | なし |
| min_pt | 可読性の下限とするフォントサイズ（ポイント） | 5 |
| family | フォントファミリー、現在は算出結果に影響しない | “mono” |
| units | 返り値の単位 | “in”（候補: “in”, “cm”, “px”） |
| dpi | units = “px”のときに使用する1インチあたりのピクセル数 | 96 |
# データフレームのプロットに必要なサイズをインチ単位で算出
paint_size(sanka)
width height
4.3 1.4
# 省略せずに全体をプロットする場合のサイズを、96 dpiのピクセル単位で算出
paint_size(sanka, show_all = TRUE, units = "px")
width height
408 134
# 添字をプロットする分だけ広がるサイズを算出
paint_size(hosuu, show_indices = "all")
width height
7.9 1.9
# 横並びのベクトルに必要なサイズをセンチメートル単位で算出
paint_size(steps, layout = "horizontal", units = "cm")
width height
8 2
# 可読性の下限を8ポイントに引き上げて算出
paint_size(kaijo, summarise = TRUE, min_pt = 8)
width height
4.2 1.2 返り値はwidthとheightを持つ名前付き数値ベクトルです。単位がインチのままであれば、png()やknitrのチャンクヘッダにそのまま使用できます。
# 添字つきで配列をプロットする場合に必要なサイズを算出
dev_size <- paint_size(hosuu, show_indices = "all")
# 算出したサイズをそのままpng()に渡してファイルへ保存
png("hosuu.png", width = dev_size[["width"]], height = dev_size[["height"]],
units = "in", res = 96)
# 開いたデバイスに配列の図をプロット
paint_array(hosuu, show_indices = "all")
# デバイスを閉じてファイルを確定
dev.off()
日本語データを扱う際の注意点
本パッケージは、セルの幅を「文字数×0.6em」という半角文字を基準にした計算で見積もっています。そのため、全角文字を含むデータでは、paint_sizeコマンドが返すサイズがやや小さめに算出されます。算出値をそのままpng()に渡すと、可読性の下限を下回った旨の警告が表示される場合があります。
警告文には拡大後の推奨サイズが具体的に示されるため、その値を使ってデバイスを開き直せば解決します。あらかじめ余裕を持たせる場合は、paint_sizeコマンドが返す幅を1.5倍から1.7倍程度に広げておくと安定です。また、ラベル内容を短くする、fontsizeを指定するなども有効だと考えます。
# 会場名に全角文字を含むデータフレームを作成
kaijo_df <- data.frame(
会場名 = c("中央公民館", "東部保健センター", "西部体育館"),
参加者数 = c(12L, 8L, 15L))
# 必要なサイズを算出
dev_size <- paint_size(kaijo_df)
# 算出値をそのまま使うと、可読性の下限を下回る警告が表示される
png("kaijo1.png", width = dev_size[["width"]], height = dev_size[["height"]],
units = "in", res = 96)
# データフレームの図をプロット
paint_data_frame(kaijo_df)
# デバイスを閉じてファイルを確定
dev.off()
# 警告文が提示するサイズに広げて保存し直す
png("kaijo2.png", width = 6.6, height = 1.9, units = "in", res = 96)
# 同じ図を、余裕のあるサイズでプロット
paint_data_frame(kaijo_df)
# デバイスを閉じてファイルを確定
dev.off()
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