Rで解析：関係性を表現！サークルプロットを作成「circleplot」パッケージ

関係性を表現するのにヒートマップや散布図などがありますが、サークルプロットもオススメです。サークルプロットは円周に変数を並べ変数間の関係性を線の太さや色で表現する手法です。

パッケージバージョンは0.4.1。実行コマンドはR version 4.2.2で確認しています。

パッケージのインストール

下記、コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("devtools")
devtools::install_github("mjwestgate/circleplot")

実行コマンド

詳細はコメント、パッケージのヘルプを確認してください。

#&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12398;&#35501;&#12415;&#36796;&#12415;
library("circleplot")
#install.packages("amap")
library("amap")

###&#12487;&#12540;&#12479;&#20363;&#12398;&#20316;&#25104;#####
n <- 10
TestData <- data.frame(Data1 = sample(1:100, n, replace = TRUE),
                       Data2 = sample(1:100, n, replace = TRUE),
                       Data3 = sample(1:100, n, replace = TRUE),
                       Data4 = sample(1:100, n, replace = TRUE),
                       Data5 = sample(1:100, n, replace = TRUE),
                       Data6 = sample(300:400, n, replace = TRUE),
                       Data7 = sample(1:100, n, replace = TRUE),
                       Data8 = sample(1:100, n, replace = TRUE),
                       Data9 = sample(300:400, n, replace = TRUE),
                       Data10 = sample(1:100, n, replace = TRUE))
########

#amap&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12398;Dist&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;&#12391;&#39006;&#20284;&#24230;&#12434;&#31639;&#20986;
DistResult <- Dist(TestData, method = "spearman")

#&#12464;&#12521;&#12501;&#12521;&#12505;&#12523;&#12398;&#12487;&#12540;&#12479;&#12434;&#20184;&#19982;
attr(DistResult, "Labels") <- colnames(TestData)

#scales&#12497;&#12483;&#12465;&#12540;&#12472;&#12391;&#33394;&#12434;&#35373;&#23450;
library("scales")
x <- seq(0, 1, length = 9)
ColPal <- seq_gradient_pal(c("#e1e6ea", "#505457", "#4b61ba", "#a87963",
                                      "#d9bb9c", "#756c6d"))(x)
                                      
#&#12469;&#12540;&#12463;&#12523;&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;&#12434;&#25551;&#20889;:circleplot&#12467;&#12510;&#12531;&#12489;
#&#34920;&#31034;&#12473;&#12479;&#12452;&#12523;&#12398;&#35373;&#23450;:style&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;"classic","pie","clock"&#12364;&#25351;&#23450;&#21487;&#33021;
#&#12503;&#12525;&#12483;&#12488;&#20307;&#35009;&#12398;&#35519;&#25972;:plot.control&#12458;&#12503;&#12471;&#12519;&#12531;;&#20869;&#23481;&#12399;list&#12391;&#25351;&#23450;
#plot.rotation,plot,par,point,point.labels,line.gradient,line.breaks
#line.cols,line.widths,arrows,na.control&#12394;&#12393;&#12398;&#25351;&#23450;&#12364;&#21487;&#33021;
circleplot(DistResult, style = "classic",
           plot.control = list(line.cols = ColPal,
                               line.widths = seq(1, 10, by = 1)[1:9]))

出力例

少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように！！